求助：最后md时运行mdrun，算到1/3左右出现报错

gxs · 发表于 Post on 2024-1-5 11:06:29

报错如图所示：请大家帮助

Huschein · 发表于 Post on 2024-1-6 18:46:01

看起来有一点点可能是显存不够，不过你这个真不好说。cudaSuccess一般是分配内存内存拷贝释放内存等时候出的事情，这个不精确到代码确实不知道哪里问题。不过你可以重跑一次，估计就ok了

路人步@提不起劲 · 发表于 Post on 2024-1-6 21:48:02

本帖最后由路人步@提不起劲于 2024-1-6 21:53 编辑

你开了CUDA Graph了么？如果你开了这个特性建议用23.3版本重算。

23.2涉及virial steps的步骤与邻域搜索步骤不一致导致MD崩溃，就目前给到的信息来看如果和我想的一样那么就是GMX内部的bug，23.3的更新日志中提到了相关信息。同时也建议你关注一下更新日志中提到的编号为4813 issue。如果用23.3重算之后还发生这种情况可以发一下你的tpr以及重新生成tpr的文件，4813提到的补丁虽然推到了主线但还在征求意见的状态。

另外，你的MD真的需要用MPI并行么？

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