求助：CGenff生成小分子力场时出现两个虚拟原子，无法转成gromacs的itp文件

byqyb · 发表于 Post on 2022-7-2 16:34:50

sob老师您好：目前像生成一个小分子的力场itp文件，用charmm-gui的插件无法生成完整文件，改用CGenff生成的str，两种方法均会在处理初始结构文件时自动在分子的两个Cl原子位置分别生成一个虚拟原子LP1/LP2，原子类型为Du，用./cgenff_charmm2gmx.py YNT YNT.mol2 YNT.str charmm36-jul2021.ff命令时，显示mol2与str原子数不对应。在mol2文件中加上这两个虚拟原子后又显示Du原子类型无法识别，请问这种情况应当怎么处理呢？
结构图如下：

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-7-2 22:56:58

你itp里有虚拟点gro里没有当然报错。。。。

你在gro里加上不就完了

byqyb · 发表于 Post on 2022-7-3 11:24:23

喵星大佬发表于 2022-7-2 22:56
你itp里有虚拟点gro里没有当然报错。。。。

你在gro里加上不就完了

我的目的是生成小分子的itp文件，我试过在小分子的mol2文件里加虚拟原子然后进行转换，结果没成功。
最后我用swissparam生成了itp文件，可以正常用了

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-7-5 21:22:45

CGenff能生成含过渡金属的小分子的拓扑文件吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-26 05:57:28

大头攒毛发表于 2022-7-5 21:22
CGenff能生成含过渡金属的小分子的拓扑文件吗？

CGenFF面向的是有机分子
带过渡金属的不行

带过渡金属的建议按下文的做法
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-7-26 23:35:37

谢谢sober老师

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2024-1-22 15:03:44

喵星大佬发表于 2022-7-2 22:56
你itp里有虚拟点gro里没有当然报错。。。。

你在gro里加上不就完了

想问下这个虚拟原子只有用charmm力场时才会生成吗？如果我需要用amber力场做gmx动力学模拟，但同样希望能模拟卤素形成卤键的相互作用，我可以添加虚拟原子吗？又该如何确定虚拟原子的电荷、距离这些参数呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-22 16:42:52

Jeffrey0521 发表于 2024-1-22 15:03
想问下这个虚拟原子只有用charmm力场时才会生成吗？如果我需要用amber力场做gmx动力学模拟，但同样希望能 ...

可以，正常生成小分子的gaff力场的拓扑文件，然后手动添加两个虚拟点(pdb里也要加，顺序要对应)，然后设置虚拟点的类型和参数，拟合RESP电荷的时候也同时对虚拟点拟合(见miltiwfn手册，和给18碳环拟合电荷类似)，然后修改拓扑里的电荷即可

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2024-1-24 09:55:39

本帖最后由 Jeffrey0521 于 2024-1-24 09:56 编辑

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Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2024-1-24 09:56:00

喵星大佬发表于 2024-1-22 16:42
可以，正常生成小分子的gaff力场的拓扑文件，然后手动添加两个虚拟点(pdb里也要加，顺序要对应)，然后设 ...

谢谢大佬，查阅了手册4.7.7.6基本看明白了电荷的计算。但还想问下α-hole拟合虚拟原子的坐标如何确定呢？可以直接使用ESP静电势的极大值点作为位点吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-24 10:05:42

Jeffrey0521 发表于 2024-1-24 09:56
谢谢大佬，查阅了手册4.7.7.6基本看明白了电荷的计算。但还想问下α-hole拟合虚拟原子的坐标如何确定呢？ ...

调整距离去拟合RESP电荷，使静电势的RMSE最小

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[GROMACS] 求助：CGenff生成小分子力场时出现两个虚拟原子，无法转成gromacs的itp文件

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