求助：用MS的Dmol进行过渡态搜索时，轨迹文件的原子出现严重乱序。

cftcft · 发表于 Post on 2021-1-9 21:33:12

各位老师好，我在用MS的Dmol进行过渡态搜索的时候，使用Reaction Preview对反应物和产物进行匹配，所有的原子都匹配上了，但是生成的轨迹文件出现了严重的乱序，请问这种问题怎么解决啊。

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-1-9 22:31:11

匹配的时候要点match逐个原子对应去匹配，也就是说两个image中要把对应的原子match才行。

石头圭 · 发表于 Post on 2021-1-10 12:04:40

试试把Base on product改成Base on reactant

cftcft · 发表于 Post on 2021-1-10 14:26:31

卡开发发发表于 2021-1-9 22:31
匹配的时候要点match逐个原子对应去匹配，也就是说两个image中要把对应的原子match才行。

您好，谢谢您的回复。我是逐个原子进行匹配的，也确保了所有的原子都匹配上了，但是轨迹文件还是乱序的，这种要怎么解决哪，还是哪里出了问题。

cftcft · 发表于 Post on 2021-1-10 14:28:06

石头圭发表于 2021-1-10 12:04
试试把Base on product改成Base on reactant

谢谢您的回复。Base on reactant和Base on product我都试过了，结果都是这种乱序的轨迹文件，请问这种要怎么解决哪？

乐平 · 发表于 Post on 2021-1-10 15:44:21

从结构上观察，你的反应物和产物左边似乎没有变化，主要的区别是右侧烃类物质发生了变化（似乎是裂解了？）

zyj19831206 · 发表于 Post on 2021-1-10 17:07:04

是不是初始没有优化反应物和产物结构？并且最好使用笛卡尔坐标。

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-1-10 18:39:47

cftcft 发表于 2021-1-10 14:26
您好，谢谢您的回复。我是逐个原子进行匹配的，也确保了所有的原子都匹配上了，但是轨迹文件还是乱序的， ...

肯定是操作上哪里出了问题，否则无论是反应物还是产物都不可能是碳原子在更上端，就算匹配是随便乱点也不会这样。逐个原子匹配如果是auto match是不行的，因为程序很难确定你的反应前后到底哪些原子是对应的，建议手工再排查一下。不妨导出成arc文件，然后上传上来大家帮你排查。

石头圭 · 发表于 Post on 2021-1-10 21:25:19

cftcft 发表于 2021-1-10 14:28
谢谢您的回复。Base on reactant和Base on product我都试过了，结果都是这种乱序的轨迹文件，请问这种要 ...

不好意思，剩下我也不了解了... 看卡开发发大佬的解答

SunMsh · 发表于 Post on 2021-1-30 14:33:32

本帖最后由 SunMsh 于 2021-2-3 10:10 编辑

可以把Reactant文件复制到一个新的文件夹下，把所有没有固定的原子手动删掉，再根据原Reactant文件原子坐标手动输入删掉的原子，(选Base preview on reactant,如果手输Product文件就选Base preview on product)之后再与Product文件进行原子匹配建立轨迹文件，应该就能消除楼主所说的问题。可能是进行结构优化后得到的结果文件原子坐标不知道被什么干扰了，删掉后手动输入就没有轨迹原子错位或被其它原子替代这种闹人的问题

，我也是被这个问题困扰了好几天如果再不行尝试把所有原子手输，就是输完手麻

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-1-30 15:26:50

SunMsh 发表于 2021-1-30 14:33
可以把Reactant文件复制到一个新的文件夹下，把所有没有固定的原子手动删掉，再根据原Reactant文件原子坐标 ...

可以写个脚本产生car文件

SunMsh · 发表于 Post on 2021-1-30 19:07:01

卡开发发发表于 2021-1-30 15:26
可以写个脚本产生car文件

比较小白，不会写脚本，只会用现成的，惭愧

浪啊我是 · 发表于 Post on 2021-3-9 15:08:05

这个问题好像是需要把reactant和produt的显示模式统一改成in-cell或者origin再进行配对。

cftcft · 发表于 Post on 2021-5-12 14:46:36

SunMsh 发表于 2021-1-30 14:33
可以把Reactant文件复制到一个新的文件夹下，把所有没有固定的原子手动删掉，再根据原Reactant文件原子坐标 ...

谢谢大神的回复，我现在找到原因了。和您说的一样，原子顺序应该是被什么干扰了。我把优化后的反应物构型导出为.car模式的文件，然后再用MS打开，用新得到的模型和产物构建过渡态，这样原子就不会乱序了。

cftcft · 发表于 Post on 2021-5-12 14:47:59

浪啊我是发表于 2021-3-9 15:08
这个问题好像是需要把reactant和produt的显示模式统一改成in-cell或者origin再进行配对。

改成incell或者origin都没用，不是这个原因导致的，应该是软件本身的原因

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