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[GROMACS] gromacs如何导出自由能最低的构象?

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如题,我在做完分子动力学模拟之后,计算得到了某配体的自由能面图。以如图为例。 有个问题想请教一下大家,如何利用gromacs导出紫色区域的这一批自由能最低的结构。 感谢大家!

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发表于 Post on 2024-5-14 08:00:44 | 只看该作者 Only view this author
origin里绘制散点图,可以设置显示label,根据label标的帧号取密度最大那块的散点对应的帧
或者根据每帧的PC值,自己写程序(光靠awk都能做到)提取PC值在相应范围内的帧号
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-14 09:14:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-14 08:00
origin里绘制散点图,可以设置显示label,根据label标的帧号取密度最大那块的散点对应的帧
或者根据每帧的 ...

感谢社长,我试下。我还有一个办法不知道可不可以。利用簇分析方法计算出结构相似的几个组。考察组内帧对应的RMSD RG (自由能图的横纵坐标) 对照自由能图看看是否落在紫色区域。都在紫色区域则为代表性结构。
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发表于 Post on 2024-5-14 22:50:08 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2024-5-14 09:14
感谢社长,我试下。我还有一个办法不知道可不可以。利用簇分析方法计算出结构相似的几个组。考察组内帧对 ...

可以
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