crystal17安装步骤

DUNING

之前根据crystal官网上给出的步骤安装crystal17版，出了点问题，因此发了该帖子求助，今早从头到尾又检查了一遍，发现自己就是在环境变量里把路径中的_打成了__,导致一直找不到crystal执行文件，于是干脆把自己的步骤分享出来，供大家参考，毕竟英文的说明的确看着头痛。第一步是将crystal17_v1_0_2_Linux-ifort17_XE_openmpi-2.1_emt64.exe.tar.gz解压（第一步：gunzip  crystal17_v1_0_1_Linux-ifort17_XE_openmpi-2.1_emt64.exe.tar.gz，第二步，tar -xvf crystal17_v1_0_1_Linux-ifort17_XE_openmpi-2.1_emt64.exe.tar），第二步是将CrGra2006 visualization package解压 （gunzip Crgra2006.tar.gz， tar -xvf Crgra2006.tar），第三步解压utils17（unzip  utils17.zip），得到目录utils17，ls后有如下文件：cry17.bashrc，cry17.cshrc，runcry17，runmpi_prop17，runmpi17，runmpi17MPP，runprop17；再输入chmod +x run* 将所有run开头的文件增加执行权限，第四步进入目录utils17中，备份cry17.bashrc为cry17.old. bashrc,再将cry17.bashrc文件复制到根目录下, 把5行“echo”注释掉，修改环境变量如下：# These commands set up for use of CRYSTAL17.  
# They should be source'd into each CRYSTAL17 user's .bashrc file,
# after definition of the following environment variable:
#
# User defined variables:
#
# CRY17_ROOT -- CRYSTAL17 main directory. For instance:
export CRY17_ROOT=/home/dn/soft/CRY2K17_ROOT
#
# CRY17_BIN -- directory with executables
export CRY17_BIN=bin
#
# CRY17_ARCH -- string defining the platform/compiler
export CRY17_ARCH=Linux-ifort17_XE_openmpi2.1.0_emt64
#
# VERSION -- string associated with the binary version
export VERSION=v1.0.1
#
# CRY17_SCRDIR -- directory scratch (integrals and temporary files)
export CRY17_SCRDIR=$CRY17_ROOT/$CRY17_BIN/$CRY17_ARCH/tmp
#
# The following variables are according to CRYSTAL17 filesystem structure
export CRY17_EXEDIR=$CRY17_ROOT/$CRY17_BIN/$CRY17_ARCH
export CRY17_UTILS=$CRY17_ROOT/utils17
export CRY2K6_GRA=$CRY17_ROOT/crgra2006
export CRY17_TEST=$CRY17_ROOT/test_cases/inputs
export GRA6_EXEDIR=$CRY2K6_GRA/bin/Linux-pgf
#
export PATH=${PATH}:./:${CRY17_EXEDIR}:${CRY17_UTILS}:${CRY2K6_GRA}

export CRY17_INP=$CRY17_ROOT/test_cases/inputs
export CRY17_PROP=$CRK17_ROOT/test_cases/inputs
#
########################################################################
#  Tip:
#  add the following line in .bashrc file
#
#   source ~/.cry17.bashrc
#############################################
其中
export CRY17_INP=$CRY17_ROOT/test_cases/inputs
export CRY17_PROP=$CRK17_ROOT/test_cases/inputs
如果不设置这两个变量，input和output都只能在当前目录下
之后在根目录下的.bashrc中插入source cry17.bashrc
退出后记得source .bashrc
新建一个文件夹：mkdir test_first
cd test_first
输入命令runcry17 test11
会在该文件夹下产生test11.out        standard output (crystal+properties)
test11.f9         unformatted wf data (written by crystal)
test11.f98        formatted wf data (written by crystal)
[ if Crgra2006 was installed:
test11.band06.ps  postscript file - bands
test11.doss06.ps  postscript file - doss
test11.maps06.ps  postscript file - charge density map]这几个文件。
在此我将之前我报的错贴出来
output data in /home/dn/soft/CRY2K17_ROOT/utils17/test11.out
crystal executable in /home/dn/soft/CRY2K17__ROOT/bin/Linux-ifort17_XE_openmpi2.1.0_emt64/v1.0.1 not found or empty
原因就是我在环境变量中将export CRY17_ROOT=/home/dn/soft/CRY2K17_ROOT打成了=/home/dn/soft/CRY2K17__ROOT，真是稍不注意就出错啊
为了测试是否安装成功
输入grep "GY(HF" test11.out
出现结果TOTAL ENERGY(HF)(AU)(   7) -2.7466419186124E+02 DE-1.2E-09 tst 3.5E-12 PX 2.0E-04
上面给出了固体MgO的能量，即表示安装成功

akakcolin

这不是要先编译吗？

pyscf

akakcolin 发表于 2019-3-19 17:58
这不是要先编译吗？

no source code, compile what?

ice_rain

其实crystal17不用设置哪些东西。直接用

mars936

我买了Crysta17 windows版本，正在学习，1希望有高手指点，2可帮助免费计算. cser_mars@126.com，欢迎交流！

gqjuly

求crystal17安装包

lynn_nj

您好！请问crystal17_v1_0_2_Linux-ifort17_XE_openmpi-2.1_emt64.exe.tar.gz这个是需要购买的吗？

wanghong_id

lynn_nj 发表于 2023-6-18 22:05
您好！请问crystal17_v1_0_2_Linux-ifort17_XE_openmpi-2.1_emt64.exe.tar.gz这个是需要购买的吗？

确实需要购买