使用gromacs计算空间分布函数sdf时报错

一枚研究生

我在用gromacs做sdf时，


第一步：以所有要研究的分子为中心分子建一个组，以体系中所有Si建一个组，用这两个组计算sdf。


第二步：使中心分子在盒子内居中, 同时所有其他分子处于盒子内
gmx trjconv -s npt.tpr -f npt.trr -n sdf.ndx -o lignin_cnt.xtc -center -ur compact -pbc mol
Select group for centering时选择中心分子组, Select group for output时选择System组


第三步：按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动
gmx trjconv -s npt.tpr -f lignin_cnt.xtc -n sdf.ndx -o lignin_cnt_fit.xtc -fit rot+trans
Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组。
就是第三步，一直报错，错误如下：
Select group for least squares fit
Group     0 (         System) has 11877 elements
Group     1 (          Other) has   390 elements
Group     2 (            MOL) has   210 elements
Group     3 (           METO) has   180 elements
Group     4 (          Water) has 11487 elements
Group     5 (            SOL) has 11487 elements
Group     6 (      non-Water) has   390 elements
Group     7 (            SI1) has    60 elements
Select a group: 2
Selected 2: 'MOL'
Select group for output
Group     0 (         System) has 11877 elements
Group     1 (          Other) has   390 elements
Group     2 (            MOL) has   210 elements
Group     3 (           METO) has   180 elements
Group     4 (          Water) has 11487 elements
Group     5 (            SOL) has 11487 elements
Group     6 (      non-Water) has   390 elements
Group     7 (            SI1) has    60 elements
Select a group: 7
Selected 7: 'SI1'
Reading frame       0 time    0.000
Precision of lignin_cnt.xtc is 0.001 (nm)
Using output precision of 0.001 (nm)


-------------------------------------------------------
Program:     gmx trjconv, version 2020.3-MODIFIED
Source file: src\gromacs\tools\trjconv.cpp (line 920)


Fatal error:
Index[0] 211 is larger than the number of atoms in the
trajectory file (60). There is a mismatch in the contents
of your -f, -s and/or -n files.


请问我该怎么解决该问题呢

Seyilaxa

报错信息显示轨迹文件只有60个原子，可以检查一下导出的轨迹