蛋白质配体复合物RMSD起始值较大

M230351121 · 发表于 Post on 2024-9-18 11:13:44

本人刚学习GMX，体系为蛋白质-配体复合物，保持分子完整性和去除周期性后计算RMSD值时，选择的是骨架和配体重原子，rmsd值起始偏高，求解答。

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-18 11:23:38

复合物的结构是怎么得到的?
这个10 nm,就是100 Å,观察一下这个轨迹,配体是发生了什么,是不是与蛋白质发生了脱落.
这种复合物体系的模拟有很多要注意的事项
详见谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 http://sobereva.com/632

M230351121 · 发表于 Post on 2024-9-18 14:56:17

Loading0760 发表于 2024-9-18 11:23
复合物的结构是怎么得到的?
这个10 nm,就是100 Å,观察一下这个轨迹,配体是发生了什么,是不是与蛋白质 ...

好的，谢谢老师，复合物蛋白是通过Swiss-Model建模得到的，配体时Chem 3D绘制并优化的，我使用VMD观察一下，稳定在结合口袋中的。

t675210552 · 发表于 Post on 2024-9-20 17:51:49

你在做RMSD分析时选择reference结构是哪一个，咋会初始值就这么高

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[GROMACS] 蛋白质配体复合物RMSD起始值较大