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[GROMACS] 求助Semiisotropic时npt控压的设置

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本帖最后由 土拔鼠 于 2019-11-3 00:51 编辑

我的体系是膜(磷脂分子平行于Z轴)、蛋白、小分子、离子    我取消了Z轴的周期性边界条件 在Z轴加了两个Wall

控压方式选择的是 Semiisotropic 但是我不太清楚如何去设置 x/y   z这两个方向的压力耦合常数和压力 请教一下老师 对于膜体系一般设多少合适 我试了很多搭配 都提示Segmentation fault我看log文件里显示Step 282991  Warning: Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged.

我减小了步长也没有解决
我检查了我的初始结构 初始结构是我前期在pbc=xyz isotropic的压力耦合方式下进行了10ns的npt 体系应该已经基本平衡了
我是在改变pbc=xy ,加wall 以及semiisotropic 之后出现的报错 所以我觉得是这里出了问题

下面是我在压力耦合部分的的mdp
pcoupl                  = Parrinello-Rahm
pcoupltype              = semiisotropic  
tau_p                   = 2.0               
ref_p                   = 1.0     0         
compressibility         = 4.5e-5     4.5e-5
pbc                     = xy
nwall        = 2








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模拟后膜表面不平整

模拟后膜表面不平整

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发表于 Post on 2019-11-1 04:13:57 | 只看该作者 Only view this author
Parrinello-Rahm不适合在压力变化的情况下使用
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发表于 Post on 2019-11-1 06:50:14 | 只看该作者 Only view this author
虽然你之前是平衡了,但改变了条件,就又不平衡了。所以应当先用berendsen直到平衡为止

压力耦合常数和压力对于膜没有特殊性,当前设置就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 08:52:13 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-11-1 04:13
Parrinello-Rahm不适合在压力变化的情况下使用
用bredenson

太感谢了 问题解决了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 08:56:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 土拔鼠 于 2019-11-1 11:21 编辑
sobereva 发表于 2019-11-1 06:50
虽然你之前是平衡了,但改变了条件,就又不平衡了。所以应当先用berendsen直到平衡为止

压力耦合常数和 ...

谢谢社长 还有两个问题想请教一下

1 先用berendsen 再用Parrinello-Rahm进行NPT 体系大概平衡了之后我是否可以转为NVT去看离子的扩散情况 因为我发现加上控压之后模拟速度慢了好多

2 我在semiisotropic控压后 发现膜变得不平整 在xy平面有一个比较大的错位 请问老师在X/Y 和 Z轴两个方向设施相同的压力与压缩系数是合理的吗

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发表于 Post on 2019-11-1 17:21:53 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-11-1 08:56
谢谢社长 还有两个问题想请教一下

1 先用berendsen 再用Parrinello-Rahm进行NPT 体系大概平衡了之后 ...

可以

我不知道错位是什么情况,最好给个图。合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-3 00:56:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-1 17:21
可以

我不知道错位是什么情况,最好给个图。合理

社长 我已经把图传到一楼的帖子上了 您方便的时候看一下

还有一个问题 使用berendsen控压后在Z轴方向在水盒子尺寸变得很大 溶剂化用的是spc216进行的 spc216一般不是已经进行了预平衡吗 并且溶剂化之后体系的密度比纯水略高 但没高多少 我不太理解为什么在控压后Z轴又会出现这么大的尺寸变化

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发表于 Post on 2019-12-16 13:36:40 | 只看该作者 Only view this author
楼主好,请问你的膜蛋白体系是single bilayer,靠着膜两侧的Δq让离子通过吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-5 14:48:29 | 只看该作者 Only view this author
昊彦祖 发表于 2019-12-16 13:36
楼主好,请问你的膜蛋白体系是single bilayer,靠着膜两侧的Δq让离子通过吗?

是的 想的是依靠Δq 但效果不好

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发表于 Post on 2020-4-25 01:31:21 | 只看该作者 Only view this author
求教取消Z轴PBC的好处,跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点?

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发表于 Post on 2020-4-25 03:21:21 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-4-25 01:31
求教取消Z轴PBC的好处,跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点?

膜体系Z方向一般都要用PBC,要不然某些水可能蒸发到无穷远,而且也没法控制Z方向压力
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-25 09:30:39 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-4-25 01:31
求教取消Z轴PBC的好处,跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点?

我的要求比较特殊 我是想将膜内外分成两个独立的部分所以才取消了Z轴的PBC并且加了Wall

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本帖最后由 azero 于 2020-4-25 15:07 编辑
土拔鼠 发表于 2020-4-25 09:30
我的要求比较特殊 我是想将膜内外分成两个独立的部分所以才取消了Z轴的PBC并且加了Wall

嗯嗯,原来如此

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发表于 Post on 2020-4-25 15:07:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-25 03:21
膜体系Z方向一般都要用PBC,要不然某些水可能蒸发到无穷远,而且也没法控制Z方向压力

Sob老师,想请教一下为什么膜体系都用Semiisotropic,而不是isotropic?一直都是照着教程,教程怎么说怎么做,想不明白其中原理

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发表于 Post on 2020-4-27 01:33:50 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-4-25 15:07
Sob老师,想请教一下为什么膜体系都用Semiisotropic,而不是isotropic?一直都是照着教程,教程怎么说怎 ...

因为膜的侧向和垂直于膜方向的特征差异极大,如果用各项同性控压,会导致XY和Z方向尺寸变化总是相同的,显然这和实际情况不符
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