xtb报错intel mkl error如何解决

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-3-2 14:58:10

本帖最后由吹梦到西洲于 2024-3-3 00:11 编辑

如图，是在服务器上计算的

图2是报错以后取log文件最后的坐标信息转换成xyz形式的结构

操作系统是Centos 7.9 xtb的版本为6.6.1

以脚本的形式提交任务；

xyz文件和作业提交脚本在附件文件1、2

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-3-2 16:12:16

表面上是Intel MKL报错，实际上可能是此时结构有问题，看看目前的几何结构

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-3-2 20:14:25

本帖最后由吹梦到西洲于 2024-3-2 20:15 编辑

zjxitcc 发表于 2024-3-2 16:12
表面上是Intel MKL报错，实际上可能是此时结构有问题，看看目前的几何结构

感谢邹神回复我取了.log文件最后的坐标，转成.xyz后，结构似乎并没有什么不合理的地方。图片我重新编辑上去了，图片上面的部分两条链相互上下错开了。麻烦老师再帮我看看

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-2 23:40:54

直接上传xyz文件、说明用的xtb版本和操作系统、输入的命令

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-3-3 00:11:41

sobereva 发表于 2024-3-2 23:40
直接上传xyz文件、说明用的xtb版本和操作系统、输入的命令

感谢老师回复已经重新编辑了

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-3 04:01:17

吹梦到西洲发表于 2024-3-3 00:11
感谢老师回复已经重新编辑了

我这里用你的xyz文件、用相同命令，在CentOS 7.4下用xtb 6.6.1计算完全正常
换个版本或系统
ohess已经自带了优化过程，不要再写opt

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-3-3 12:27:46

sobereva 发表于 2024-3-3 04:01
我这里用你的xyz文件、用相同命令，在CentOS 7.4下用xtb 6.6.1计算完全正常
换个版本或系统
ohess已经 ...

谢谢老师

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-3-3 18:22:53

sobereva 发表于 2024-3-3 04:01
我这里用你的xyz文件、用相同命令，在CentOS 7.4下用xtb 6.6.1计算完全正常
换个版本或系统
ohess已经 ...

老师我的报错是出现在675轮之后得到和final structure以后出现的请问老师那边任务能正常结束出来molden文件吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-4 07:05:15

吹梦到西洲发表于 2024-3-3 18:22
老师我的报错是出现在675轮之后得到和final structure以后出现的请问老师那边任务能正常结束出来molde ...

没尝试完整跑完
检查当时的结构合理性

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-3-4 09:18:05

sobereva 发表于 2024-3-4 07:05
没尝试完整跑完
检查当时的结构合理性

好的老师，我这边重新做了一个结构能跑，应当是之前的结构有问题~谢谢

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