溶解自由能和反应活化能

t13340033021 · 发表于 Post on 2017-10-23 07:48:10

我阅读了sob老师的这篇关于溶解自由能计算的博文http://sobereva.com/327，依然觉得困惑。计算溶剂化情况下的自由能应该用M05-2X/6-31G* 使用SMD模型后给出的SMD-CDS energy + 不带溶剂情况下使用M05-2X/6-31G*的频率分析得出的自由能吗？
如果条件允许是不是用 M06-2X/6-311+G* 优化后计算的自由能加上 M05-2X/6-31G* 使用SMD模型优化后给出的SMD-CDS energy
还是直接M06-2X/6-311+G* SMD模型下做频率分析的自由能就可以。

xujian · 发表于 Post on 2017-10-23 09:04:47

本帖最后由 xujian 于 2017-10-23 09:06 编辑

以下为我的理解，供参考：溶解自由能直接是用SCF Done后面的能量减去气相下的单点能，SMD-CDS的能量为溶解自由能非极性部分。应该用1.中等水平计算方法得到热力学校正量，然后用2.高精度方法算单点能，再用3.M05-2X/6-31G*得到溶解自由能并加上标准态转换能量1.89 kcal/mol。将123能量相加即可

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-23 15:15:43

1 恰当的级别诸如B3LYP/6-311G**优化，并且做振动分析，得到自由能的热力学校正量delta_Gcorr
2 M05-2X/6-31G*计算1结构的气相和带着scrf=SMD的单点能（SCF Done后面的值），二者求差，得到溶解自由能delta_Gsolv
3 用高精度级别诸如B2PLYP-D3/def2-TZVP计算1结构的气相单点能

将3的能量与delta_Gcorr和delta_Gsolv相加就完了。

后记：有专门的文章，看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

t13340033021 · 发表于 Post on 2017-10-24 08:26:42

sobereva 发表于 2017-10-23 15:15
1 恰当的级别诸如B3LYP/6-311G**优化，并且做振动分析，得到自由能的热力学校正量delta_Gcorr
2 M05-2X/6- ...

非常感谢

t13340033021 · 发表于 Post on 2017-10-24 08:26:54

xujian 发表于 2017-10-23 09:04
以下为我的理解，供参考：溶解自由能直接是用SCF Done后面的能量减去气相下的单点能，SMD-CDS的能量为溶解 ...

非常感谢

WaterMirror · 发表于 Post on 2022-1-18 01:17:43

sobereva 发表于 2017-10-23 15:15
1 恰当的级别诸如B3LYP/6-311G**优化，并且做振动分析，得到自由能的热力学校正量delta_Gcorr
2 M05-2X/6- ...

老师您好那个您这边是不是忘了再加1.89kcal/mol？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-22 16:41:50

WaterMirror 发表于 2022-1-18 01:17
老师您好那个您这边是不是忘了再加1.89kcal/mol？

如果是从Gaussian输出文件里直接读的Gcorr就加
如果是Shermo（http://sobereva.com/552）算的而且settings.ini里设了conc= 1M就不用再自己加

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