gmx_MMPBSA计算多肽/DNA结合能合理性判断

xsc6 · 发表于 Post on 2023-4-22 23:40:10

老师们好！我使用gmx_MMPBSA计算了多肽/DNA结合能，如下

DNA带有强烈的负电，多肽侧链是正电荷，两者具有强烈的相互吸引作用，所以电荷作用很强（图中也是这样的），这里ΔEPB值也很大。
1.我想问一下这样算出来的结合能-87.17kcal/mol是否合理？（多肽十个氨基酸，DNA五十个碱基）
2.官网上写的高电荷系统要用Binding free energy calculation with linear PB (NLPBE),我不知道我是不是属于高电荷系统，怎么才是高电荷系统？（采用NLPBE耗时增加显著，一帧用了十个小时）我也用这个方法尝试了一帧（应该是参数设置不对，导致ΔEPB输入等于0，结合能-8000多，这应该是不合理的），那么如果必须要用NLPBE，eneopt和cutnb应该如何设置呢？
谢谢大家

2535882172 · 发表于 Post on 2024-3-7 22:53:45

请问您是将多肽当作蛋白质来跑，还是当作小分子配体计算出小分子拓扑来跑呀

xsc6 · 发表于 Post on 2024-3-13 16:32:37

2535882172 发表于 2024-3-7 22:53
请问您是将多肽当作蛋白质来跑，还是当作小分子配体计算出小分子拓扑来跑呀

amber力场库里面有多肽的参数的呀

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-3-13 16:56:59

核算体系带那么多电荷别用GBSA，基本属于扯淡

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[GROMACS] gmx_MMPBSA计算多肽/DNA结合能合理性判断

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