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[GROMACS] 求助gmx-MMPBSA计算结合自由能为正值

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gromacs跑的小分子和蛋白,轨迹经sob老师指点的方法处理后蛋白质已无跳跃,整个过程小分子也很老实,待在结合位点基本无变化。后提取蛋白相对于配体的rmsd如图,很稳定。但是用gmx-MMPBSA计算结合自由能△TATOL结果是正值。可以确定参数文件是没问题的,之前也跑过其他蛋白的的轨迹,结合自由能结果无明显异常。想请教一下各位老师,出现这种情况的原因可能是什么,会不会是给小分子加了限制势导致它很老实,而实际情况两者结合的并不好。

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发表于 Post on 2022-7-23 14:44:41 | 只看该作者 Only view this author
跑MD时不应当加限制势
限制势可能导致小分子和蛋白间出现现实中本来没有的虚假的互斥,导致MMPBSA里范德华作用项可能明显太正,进而导致结合自由能也为正。
模拟方式得当的情况下,对于本来配体就能稳定与蛋白结合的情况,不加限制势时小分子也理应能待在结合位点里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-24 09:50:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-23 14:44
跑MD时不应当加限制势
限制势可能导致小分子和蛋白间出现现实中本来没有的虚假的互斥,导致MMPBSA里范德华 ...

老师第二次我重跑未加限制势,整个过程也非常稳定,小分子待着结合位点基本无变化,但是最后自由能算出还是正数。我这种情况是不是改考虑换个计算方式[img][/img]
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发表于 Post on 2022-7-25 01:30:00 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2022-7-24 09:50
老师第二次我重跑未加限制势,整个过程也非常稳定,小分子待着结合位点基本无变化,但是最后自由能算出还 ...

看各个能量成分试图搞清楚为正的原因
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发表于 Post on 2022-10-29 22:34:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-25 01:30
看各个能量成分试图搞清楚为正的原因

社长 想请问能量成分试图是指resMMPBSA以及其他resMM,PB,SA吗?
我直接用了pdb库中的蛋白结构和对应小分子做了模拟,没有再做对接去调整小分子的结合模式,在能量最小化这步并没有达到Fmax<100但是正常运行了,检查了输出的结构小分子也是比较稳定的在蛋白的结合口袋的。因为Nec-1是RIPK1的特异性抑制剂了,但我做和RIPK1蛋白晶体结构5hx6结构和4ITH结构的模拟dG均为正值,但其他小分子和RIPK1的蛋白结构模拟后的mmpbsa分析dG值为负值。
正常情况下mmpbsa的dG不可能为正值吧?如何能分析在模拟的什么环节出现问题呢?感谢社长!

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发表于 Post on 2022-10-30 06:09:03 | 只看该作者 Only view this author
Nancylee0416 发表于 2022-10-29 22:34
社长 想请问能量成分试图是指resMMPBSA以及其他resMM,PB,SA吗?
我直接用了pdb库中的蛋白结构和对应小分 ...

能稳定结合的配体,理应deltaG为负

这种问题,只能是在搞懂MMPBSA计算原理的前提下,检查影响结合自由能的各个组成项,即MM、PB、SA部分,与其它结果正常的情况对比看看是否哪项有异常;做了残基的能量分解,就能更进一步检查是否有什么残基的数据有异常。对于异常的,仔细根据模拟设置或MMPBSA用的参数设置思考可能的原因。

实在搞不明白的话,也可以用更严格的比如TI/FEP方法去算算结合自由能,确认一下是否可能结合自由能本身就是很小,MMPBSA由于方法的误差导致算成正的了。
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发表于 Post on 2024-3-3 22:34:52 | 只看该作者 Only view this author
你这rmsd不算小了,都有5埃了

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发表于 Post on 2024-3-12 11:13:33 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2022-7-24 09:50
老师第二次我重跑未加限制势,整个过程也非常稳定,小分子待着结合位点基本无变化,但是最后自由能算出还 ...

朋友,请问你是如何对小分子添加限制势的呀,怎么设置的呢?我正在为如何添加限制势发愁,要对主topol设置还是对小分子的itp文件设置呢?限制势是运用于跑能量最小化和限制性动力学时使用吗?然后正式长时间动力学时限制势就不用了吗?  能否看看你设置限制势的那个文件是如何书写的呢?万分感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 10:23:42 | 只看该作者 Only view this author
znjnancy 发表于 2024-3-12 11:13
朋友,请问你是如何对小分子添加限制势的呀,怎么设置的呢?我正在为如何添加限制势发愁,要对主topol设 ...

http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/06_equil.html官方教程里面有教怎么加,蛋白质的限制文件在pdb2gmx时会自动生成,就是posre.itp。对小分子加,避免初期不稳定,你的理解的对的。正式生产模拟需要去掉,不能用,不然会跟实际情况相违背。
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