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[新手求助] QM/MM可以在一个分子内使用吗

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请问各位老师,oniom模型中可以只对中心分子的某一特定位置做QM吗?

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发表于 Post on 2024-3-14 11:35:09 | 只看该作者 Only view this author
当然可以

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-14 16:25:57 | 只看该作者 Only view this author

老师我想请问一下,在修改高斯脚本的时候,是选出一个作为high层的分子,把这个分子的QM部分设为0,MM部分和low层一样都是-1;还是直接只把想算QM的那一部分设为high层啊。十分期待老师的回复,谢谢!

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发表于 Post on 2024-3-14 21:14:38 | 只看该作者 Only view this author
首先要搞清楚ONIOM和QM/MM是两码事,仔细看下文
要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

若无绝对必要用ONIOM(QM:MM)或QM/MM,建议直接用簇模型做量化计算,省事得多

并且分清楚输入文件和脚本,完全是两个概念
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 10:16:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-14 21:14
首先要搞清楚ONIOM和QM/MM是两码事,仔细看下文
要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问 ...

谢谢sob老师的回复,我针对您给出的意见仔细研究一下

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