求助Autodock Vina对接含Ca2+的蛋白的电荷设置

charmm36 · 发表于 Post on 2024-3-5 20:52:21

各位前辈，请教一下，我拟用autodock Vina进行分子对接，但对接的受体的活性中心含有Ca2+，那么受体的pdbqt文件中Ca2+的电荷当设置多少呢？有没有参考？谢谢！

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-3-8 16:39:15

Vina是不支持用户输入电荷的，可以看看它们官网上列出的问题列表，里面有提到
https://vina.scripps.edu/manual/#faq

charmm36 · 发表于 Post on 2024-3-9 22:58:57

SiqiLee 发表于 2024-3-8 16:39
Vina是不支持用户输入电荷的，可以看看它们官网上列出的问题列表，里面有提到
https://vina.scripps.edu/m ...

可否直接编辑pdbqt给金属离子设电荷？

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-3-22 21:33:41

charmm36 发表于 2024-3-9 22:58
可否直接编辑pdbqt给金属离子设电荷？

这个没尝试过，问题是你添加了，不一定会被有效识别吧？

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[分子对接] 求助Autodock Vina对接含Ca2+的蛋白的电荷设置