模拟200ns蛋白配体复合物，设置较大步长后运行nvt预平衡时出现问题？

12313 · 发表于 Post on 2024-4-1 20:22:06

是这样，我想对蛋白配体复合物进行200ns模拟，不知道如何设置步数和步长？因为我设置较大步长后（比如20fs）运行gmx mdrun -v -deffnm nvt命令总是出现以下错误提示，想问一下大家该怎么办？
Fatal error:
47733 particles communicated to PME rank 2 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-4-1 21:03:15

如果是对全原子力场，20fs的步长也太大了吧。。。
如果用了constraints=h-bonds步长一般设2fs，如果不使用约束算法就只能设到1fs

12313 · 发表于 Post on 2024-4-1 21:06:21

Seyilaxa 发表于 2024-4-1 21:03
如果是对全原子力场，20fs的步长也太大了吧。。。
如果用了constraints=h-bonds步长一般设2fs，如果不使用 ...

所以说如果要调整模拟时间，一般只是调整步数吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-4-1 21:06:53

12313 发表于 2024-4-1 21:06
所以说如果要调整模拟时间，一般只是调整步数吗？

是的

12313 · 发表于 Post on 2024-4-1 21:22:54

Seyilaxa 发表于 2024-4-1 21:06
是的

可是要这样的话，模拟200ns花费的时间未免也太长了，难道就没有什么办法增加模拟步长吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-4-1 23:02:27

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-4-1 23:05 编辑

12313 发表于 2024-4-1 21:22
可是要这样的话，模拟200ns花费的时间未免也太长了，难道就没有什么办法增加模拟步长吗？

先看看能不能简化体系，实在没办法可以试试GROMOS之类的联合原子力场，或许能缩短一部分耗时（原理上来说精度会下降）。
可以看看这篇帖子3L的回复http://bbs.keinsci.com/thread-18605-1-1.html

PS.最简单的方法还是升级硬件

12313 · 发表于 Post on 2024-4-2 09:59:18

Seyilaxa 发表于 2024-4-1 23:02
先看看能不能简化体系，实在没办法可以试试GROMOS之类的联合原子力场，或许能缩短一部分耗时（原理上来 ...

好的好的，谢谢你的回复

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 18:49:12

属于常识性问题
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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[GROMACS] 模拟200ns蛋白配体复合物，设置较大步长后运行nvt预平衡时出现问题？

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