请问为什么使用VMD载入md.gro和md.xtc文件后，轨迹动画无法显示配体

Soulmate · 发表于 Post on 2024-4-7 11:28:29

本帖最后由 Soulmate 于 2024-4-7 11:31 编辑

大家好，想向大家请教一个问题：
   鄙人在做完1 ns的常规动力学后，按照sob老师讲义中轨迹文件的载入步骤（载入md.gro→Load Data into Molecule→选择md.xtc→Load）,在VMD中载入上述文件后，将Background改成white，Color Method改成Backbone，Drawing Method改成NewCartoon，但是轨迹动画只显示受体蛋白，无法显示配体小分子（图1）。查看载入的md.gro文件，确定里面有小分子配体的信息。
   使用Pymol载入md.gro和md.xtc文件后，却能同时显示受体蛋白和小分子配体的轨迹动画（图2）。
   请问如果想在VMD里显示配体，应该怎么操作，特向论坛的各位前辈请教。

图1

图2

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2024-4-7 12:55:12

你设置的NewCartoon风格是用来绘制蛋白质的骨架的，当然不会显示配体，你可以你通过VMD选择语句:http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html,选择配体,再选择合适的绘图风格就好了

Soulmate · 发表于 Post on 2024-4-7 16:04:46

KAIMISITERUI 发表于 2024-4-7 12:55
你设置的NewCartoon风格是用来绘制蛋白质的骨架的，当然不会显示配体，你可以你通过VMD选择语句:http://bbs ...

好的，明白，谢谢你

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