含U元素结构优化出错（塌缩）

灰飞烟灭

如图1所示是构建的含U元素的结构，在进行优化（源文件见附件1）后发现结构缩成一坨（见图2），并且程序报错（计算结果见附件2），请问大家是否有遇到类似情况，如何解决？在此感谢。

zjxitcc

你是不是忘记指定U的赝势了？并且忘记写genecp而写成gen了。

wxsxjj

http://sobereva.com/60

灰飞烟灭

zjxitcc 发表于 2024-3-27 10:46
你是不是忘记指定U的赝势了？并且忘记写genecp而写成gen了。

非常感谢，我以为只有计算单点能要加赝势，原来结构优化也要加。
麻烦帮我看下加了以后的文件（附件1），运算后还是出错（附件2），感觉离成功就差一点了，多谢。

灰飞烟灭

wxsxjj 发表于 2024-3-27 11:00
http://sobereva.com/60

多谢，我以为结构优化可以不加的，但是加了以后还是有点问题，请看楼上

wzkchem5

灰飞烟灭 发表于 2024-3-27 10:20
非常感谢，我以为只有计算单点能要加赝势，原来结构优化也要加。
麻烦帮我看下加了以后的文件（附件1） ...

是否加赝势完全取决于你有没有用赝势基组，而非你做的是不是单点能计算。如果你结构优化没用赝势基组，单点能计算用了，那就只有单点能计算需要加赝势。可能你参考的计算碰巧都是结构优化没用赝势基组的，造成了只有单点能要加赝势的错误印象。类似地，如果你结构优化用了赝势基组，单点能用全电子相对论计算，那么只有结构优化要加赝势，单点能不用（且不能）加。
SCF不收敛问题按http://sobereva.com/61解决，一条一条试，全都不行再来问

zjxitcc

最好交待一下你用的赝势基组的名称，以及你从哪里下载的数据。我看了gjf文件，你给C和O元素都用上赝势了，这很少见，让我怀疑你搞错了。另外，这种复杂体系，即使你关键词和格式都写对了，也未必能一次就成功算出，不能囫囵吞枣，要先理清楚每一个细节。

Listener1379

确认一下体系电荷，你两个输入文件指定的电荷都不一样。铀酰离子和三个碳酸根离子形成配合物应该是-4电荷吧

灰飞烟灭

Listener1379 发表于 2024-3-28 11:12
确认一下体系电荷，你两个输入文件指定的电荷都不一样。铀酰离子和三个碳酸根离子形成配合物应该是-4电荷吧

谢谢，我修正了电荷，但还是出错，不过从结果来看没有以前那样塌缩了

灰飞烟灭

zjxitcc 发表于 2024-3-27 21:38
最好交待一下你用的赝势基组的名称，以及你从哪里下载的数据。我看了gjf文件，你给C和O元素都用上赝势了， ...

谢谢，gbs文件见附件，是我从BSE上下载的。我遵循建议去掉了C和O的赝电势，但是还是有错误，我再多试几次，如果您有新的建议也请提供，多谢。

zjxitcc

灰飞烟灭 发表于 2024-3-31 13:57
谢谢，gbs文件见附件，是我从BSE上下载的。我遵循建议去掉了C和O的赝电势，但是还是有错误，我再多试几次 ...

你离合理的计算还有很长的距离，不要着急。
（1）是赝势，不是赝电势。
（2）你在10L上传的gjf文件没有对应的输出文件，不知道你的报错是什么。它不对应9L的out文件，我看基组赝势都不一样。应该每次给出对应的报错信息。当然，你现在也不用回复我报错信息，因为你有很多要修改的地方。
（3）gjf文件中建议写#p，而非#，这样可以输出更多信息，便于监控计算进度和查看报错。关键词geom=connectivity和坐标底下的连接关系建议删去，这对于量子化学计算来说没有用处，看着碍眼。
（4）你这个体系电荷如果是-4，一定要加弥散函数，可以只对C和O加弥散函数。急需仔细阅读以下两篇
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
《谈谈弥散函数和“月份”基组》http://sobereva.com/119
（5）建议去掉关键词opt。如果你现在连单点都算不出来、无法正确计算，那就不要谈结构优化了。

在以上各点都修改完后，大概率还会碰到SCF不收敛问题，届时再按《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61解决。如果按博文解决不了，再来提问，记得展示报错信息截图；如果按博文解决了问题，接下来要检验波函数稳定性。

灰飞烟灭

zjxitcc 发表于 2024-3-31 16:31
你离合理的计算还有很长的距离，不要着急。
（1）是赝势，不是赝电势。
（2）你在10L上传的gjf文件没有 ...

您好，这是我找人做的结构优化计算，程序能正常结束。但是我用自己电脑跑为啥就出错？已经修改了核数.报错信息见附件2

zjxitcc

灰飞烟灭 发表于 2024-4-7 08:49
您好，这是我找人做的结构优化计算，程序能正常结束。但是我用自己电脑跑为啥就出错？已经修改了核数.报 ...

因为你用的是上古的Gaussian，输出文件字符IA32W-G09RevC.01清楚表示这是Windows版32位Gaussian09C，还不支持关键词em=GD3BJ，所以报错。另外，即使能用上色散校正，32位Gaussian程序限制了你最多用4核1GB的硬件资源，这点资源是基本算不成这个体系的。同时推荐阅读《DFT-D色散校正的使用》http://sobereva.com/210

解决办法：换用Linux g16。注意，不要误以为需安装Win/Linux双系统。不要误以为要把Win刷成Linux。在Win10/Win11下只需开启系统自带的WSL，便可有Linux系统，继而在里面安装Linux g16。当然，到超算集群上用管理员安装好的g16做计算更为方便。