多肽与膜结合模拟，gro文件与拓扑文件显示原子数量不一致

ppisoncomputer

拓扑文件： fusion3.top (137.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2024-4-7 15:46 上传 Uploaded

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gro文件大小原因传不上来只能截图开头和结尾

如题求问各位老师，我是按照官方教程加上一点修改，利用charmmgui合成的双层脂质膜，前面都没问题，到了溶解和加离子中和这一步就说两个文件不匹配
我输入命令是 gmx solvate -cp fusion-newbox.gro -cs spc216.gro -p fusion3.top -o fusion-solve.gro
gmx grompp -f ions.mdp -c fusion-solve.gro -p fusion3.top -o ions.tpr
出现的warning是这样的，曾经尝试删掉topol里面的SOL 但是删掉了差额水分子也显示不对应 不知道什么原因

Seyilaxa

按照.top文件最后的[ molecules ]字段，检查.gro文件中对应分子的顺序和个数是否一致。然后检查分子的.itp文件看看每个分子有没有正确定义

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_X     1
SOL         3539
NA               10
CL               20
……

这里面的SOL、NA、CL是模拟体系中的吗

ppisoncomputer

Seyilaxa 发表于 2024-4-7 16:57
按照.top文件最后的[ molecules ]字段，检查.gro文件中对应分子的顺序和个数是否一致。然后检查分子的.itp ...

是的 应该是我先把多肽平衡了一下的部分 是不太对吗

Seyilaxa

ppisoncomputer 发表于 2024-4-7 18:55
是的 应该是我先把多肽平衡了一下的部分 是不太对吗

没有，只是比较奇怪为什么溶剂化和添加了离子后还要再添加离子。
如果你确定这里没问题的话按上面说的检查.gro文件就好

fhh2626

CHARMM-GUI可以自动溶剂化和添加离子，不需要你手动操作

ppisoncomputer

fhh2626 发表于 2024-4-8 09:59
CHARMM-GUI可以自动溶剂化和添加离子，不需要你手动操作

我这个溶剂化和添加离子是把膜和多肽合成一个体系做的 这一步是也不需要吗？

ppisoncomputer

Seyilaxa 发表于 2024-4-7 19:23
没有，只是比较奇怪为什么溶剂化和添加了离子后还要再添加离子。
如果你确定这里没问题的话按上面说的检 ...

感谢大佬！刚刚发现就是前面重复的SOL出问题了！改了之后就好了！

fhh2626

ppisoncomputer 发表于 2024-4-8 10:15
我这个溶剂化和添加离子是把膜和多肽合成一个体系做的 这一步是也不需要吗？

你这个问题把我给问糊涂了，CHARMM-GUI不就是设计出来做这个的吗？

ppisoncomputer

fhh2626 发表于 2024-4-8 10:45
你这个问题把我给问糊涂了，CHARMM-GUI不就是设计出来做这个的吗？

是这样的 我是想做穿膜肽穿膜过程的md，多肽不是在膜结构里面的。charmm-gui也可对多肽+膜的体系进行溶剂化和添加离子吗？（确实刚刚入门不太懂）

fhh2626

ppisoncomputer 发表于 2024-4-8 14:31
是这样的 我是想做穿膜肽穿膜过程的md，多肽不是在膜结构里面的。charmm-gui也可对多肽+膜的体系进行溶剂 ...

可以

ppisoncomputer

fhh2626 发表于 2024-4-8 15:16
可以

啊真的呀！谢谢大佬，我去研究一下！