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[Sobtop] 铁卟啉生成拓扑文件前需要进行结构优化吗

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各位老师好,近期在进行P450酶的相关研究,想用GROMACS进行分子动力学模拟,在进行拓扑文件的生成过程中对流程产生了一定疑惑。
在用sobtop对重要的辅基铁卟啉进行拓扑文件的生成前需要先用ORCA(并没有购买Gaussian)对铁卟啉的结构进行优化吗。这个铁卟啉是从PDB网站上下载到的文件中自带的,从文件上扣下来后已经用Avogadro进行了加氢处理。

很多文章都叙述他们对铁卟啉的处理参照了这篇文献“Quantum mechanically derived AMBER‐compatible heme parameters for various states of the cytochrome P450 catalytic cycle”,文中用Gaussian对铁卟啉进行了结构优化,但我看它进行结构优化的目的好像是为了后续对接的准确性,我PDB下载的文件其实已经对接好了,是不是无需再进行优化了。

亟待各位老师的解答

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发表于 Post on 2025-12-9 10:08:48 | 只看该作者 Only view this author
你直接用他的参数不行吗? 他这篇本来就是为AMBER力场适配的heme参数 你就算自己做 做出来合理性还不一定如他的 而且他这篇我记得不只是对接吧?MD也用的是这套参数

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发表于 Post on 2025-12-9 13:53:27 | 只看该作者 Only view this author
是否需要优化完全取决于你要用sobtop以何种方式产生拓扑文件,不说清楚这点没法回答。本来sobtop有的产生拓扑文件的方式就完全不依赖于几何结构而只依赖于连接关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-9 14:45:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-9 13:53
是否需要优化完全取决于你要用sobtop以何种方式产生拓扑文件,不说清楚这点没法回答。本来sobtop有的产生拓 ...

我是参考您sobtop网站上的“例4:产生过渡金属配合物的拓扑文件”流程进行拓扑文件的生成的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-9 14:51:57 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2025-12-9 10:08
你直接用他的参数不行吗? 他这篇本来就是为AMBER力场适配的heme参数 你就算自己做 做出来合理性还不一定如 ...

是的,他文章后续也进行了md。我优化结构所使用的参数和他文中建立铁卟啉结构用的参数是一样的,只是他用高斯我用orca。
我的个人理解是pdb文件中下载到的自带铁卟啉结构是存在问题的,所以要先按照他的文章参数对铁卟啉进行优化后才有更高的准确性,在优化结构后再用sobtop生成拓扑文件,以及用Multiwfn进行电荷的计算,最后在进行MD的计算。
因为在这方面完全是初学者,不知道我个人理解的操作步骤是不是存在一些问题。。。。。

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发表于 Post on 2025-12-9 20:02:15 | 只看该作者 Only view this author
Yaohong 发表于 2025-12-9 14:45
我是参考您sobtop网站上的“例4:产生过渡金属配合物的拓扑文件”流程进行拓扑文件的生成的

如果晶体结构解析度高,是否优化无所谓,但最好把氢优化一下,看下文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

否则应当所有原子都优化

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发表于 Post on 2025-12-10 02:32:38 | 只看该作者 Only view this author
Yaohong 发表于 2025-12-9 14:51
是的,他文章后续也进行了md。我优化结构所使用的参数和他文中建立铁卟啉结构用的参数是一样的,只是他用 ...

你这纯粹就是不懂MD 合理构型是为了得到合理的参数 你现在有了合理的参数 放进去min完再MD 他自己会恢复到合理的构型 根本不需要你自己去优化 你想自己做力场参数也没问题 但是根据我的经验 amber的heme都是用他的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-10 08:51:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-9 20:02
如果晶体结构解析度高,是否优化无所谓,但最好把氢优化一下,看下文
实验测定分子结构的方法以及将实验 ...

收到,谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-10 09:01:46 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2025-12-10 02:32
你这纯粹就是不懂MD 合理构型是为了得到合理的参数 你现在有了合理的参数 放进去min完再MD 他自己会恢复 ...

好的,谢谢老师。
基本上都是用他的,我之前看也有少量几篇用的是别的方法

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