gromacs如何实现连续变压

niumx · 发表于 Post on 2024-4-9 14:33:13

老师们好！最近需要模拟一个分子在高压下的一些行为。类似于298k恒定温度下，一个小蛋白在1-10bar连续压力变化下的行为，该如何进行模拟呢？.mdp文件中ref_p只能设置某个确定的参考压力，无法实现压力的连续变化。另外，对本体系系综的选择也比较朦胧，期盼各位老师指教！

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-9 21:14:46

凝聚相的可压缩系数非常低，10bar和1bar基本没区别

没有像退火那样的控制参考压力线性变化的选项，顶多是通过mdp里设置deform控制盒子尺寸线性变化，来达成平均压力的线性变化

niumx · 发表于 Post on 2024-4-10 13:06:30

谢谢sob老师解答！请问sob老师是否可以提供给我关于deform选项参数设置的例子或者文献呢？搜索到的相关的deform设置我不是很清楚。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gromacs如何实现连续变压