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[Molpro] 请问molpro关于内存需要设置吗?并行可以用多少cpu?

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楼主
请问老师molpro在计算的时候需要设置吗?我在计算CCSD(T)计算的时候有时需要算的原子数较多,不设置的话就会报错,这样就会在28核的机器上只能用2个到5个核。请问这样做是正确的吗?还是有别的效率高的办法?

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发表于 Post on 2019-12-16 10:43:39 | 只看该作者 Only view this author
当然不可能就用默认的设置。设多少核多少内存显然得看机子有多少核多少物理内存
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-16 10:50:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-16 10:43
当然不可能就用默认的设置。设多少核多少内存显然得看机子有多少核多少物理内存

谢谢老师回复,内心还有个疑问,比如说一个128G的机器,有28核,那如果我只用了5个核的话这个内存是分配到5个核还是整台机器上了呢?我有个不明白的地儿,就是不论我用多大内存的机器,如果我设置了内存4000m,就只能用1个核计算,如果想多核并行就会报错……不知道是不是哪里设置错了。

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发表于 Post on 2019-12-16 11:51:30 | 只看该作者 Only view this author
molpro有MPI并行也有OpenMP并行。对于前者,-m设的是每个MPI进程的内存使用量,实际消耗量需要乘以核数
你那个问题没有具体情况说不清楚,理应不会如此
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发表于 Post on 2022-9-16 21:35:28 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2019-12-16 10:50
谢谢老师回复,内心还有个疑问,比如说一个128G的机器,有28核,那如果我只用了5个核的话这个内存是分配 ...

你好,想问一下,molpro怎么设置使用几个核计算呀?我提交任务总是默认一个核,特别慢。所以想请教一下,不胜感激

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发表于 Post on 2022-9-16 22:38:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-9-16 22:39 编辑
Jennifer-J 发表于 2022-9-16 21:35
你好,想问一下,molpro怎么设置使用几个核计算呀?我提交任务总是默认一个核,特别慢。所以想请教一下, ...

最好不要重复发帖http://bbs.keinsci.com/thread-32068-1-1.html 这个论坛的回复速度是我见过世界上所有量化论坛里回复最快的,根本没有必要担心别人看不到、重复发帖
例如molpro -n 16 -t 1 -m 500m a.com
表示使用16个MPI进程,每个MPI进程采用1个OpenMP线程(你可以粗暴地理解为16核并行),-m表示指定内存。这些在molpro手册里全都有写。

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发表于 Post on 2024-4-17 10:13:29 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-9-16 22:38
最好不要重复发帖http://bbs.keinsci.com/thread-32068-1-1.html 这个论坛的回复速度是我见过世界上所有 ...

请问老师,不写 -t -1时,计算效率有区别吗

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发表于 Post on 2024-4-17 11:01:28 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-9-16 22:38
最好不要重复发帖http://bbs.keinsci.com/thread-32068-1-1.html 这个论坛的回复速度是我见过世界上所有 ...

试了一下 不加-t -1   计算很慢很慢

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发表于 Post on 2024-4-17 11:09:25 | 只看该作者 Only view this author
林守龙 发表于 2024-4-17 10:13
请问老师,不写 -t -1时,计算效率有区别吗

注意,不是-t -1,是-t 1,不要在转述我的话时产生错误。

如果没写这个,会导致Molpro开启MPI+OpenMP混合并行,但你只指定了MPI进程数,没指定OpenMP线程数(默认全线程并行),此时程序使用的线程数远大于你机器物理核心数,计算资源大量竞争,故而计算慢。
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