模拟蛋白配体复合物后，想进一步分析整个复合物的RMSD值，该如何选择RMSD计算类型

12313 · 发表于 Post on 2024-4-20 11:29:10

想问一下如果要计算整个蛋白配体复合物的RMSD值，在输入gmx rms命令后，在选择最小二乘和计算类型时是要选择System吗？还是Protein?

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-4-20 12:37:05

用 gmx make_ndx 建一个包含蛋白和配体的组，然后对这个组进行计算

12313 · 发表于 Post on 2024-4-20 16:40:09

Seyilaxa 发表于 2024-4-20 12:37
用 gmx make_ndx 建一个包含蛋白和配体的组，然后对这个组进行计算

之前输入过gmx make_ndx -f em.gro -o indx.ndx命令，然后选择的是1|13（蛋白和配体），这样应该没什么问题吧？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-4-20 18:57:05

检查一下组里的原子数和.gro中是否一致。确保都包含进去了就行

12313 · 发表于 Post on 2024-4-20 20:28:37

Seyilaxa 发表于 2024-4-20 18:57
检查一下组里的原子数和.gro中是否一致。确保都包含进去了就行

对不起老师，我想请问一下是模拟完成后生成的gro文件吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-4-21 01:47:47

12313 发表于 2024-4-20 20:28
对不起老师，我想请问一下是模拟完成后生成的gro文件吗？

模拟前后的.gro文件中原子数量和顺序应当是一样的，只是坐标有变化。
随便找一个.gro看看组里面蛋白和配体的原子能不能 index.ndx 文件里你定义的组对应上。

12313 · 发表于 Post on 2024-4-21 21:08:47

Seyilaxa 发表于 2024-4-21 01:47
模拟前后的.gro文件中原子数量和顺序应当是一样的，只是坐标有变化。
随便找一个.gro看看组里面蛋白和配 ...

好的谢谢

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