VMD 用于测算结冰速率的tcl脚本出错

ysrhhhh

本人目前想通过tcl脚本来计算结冰的速率，在群中咨询了之后，编写了一个通过O-O键来判断当前水分子是属于冰晶分子还是自由水分子的脚本，但是在加载到VMD之后出现了报错，以下是tcl脚本的具体内容，由于之前没有编写过tcl脚本还请大家指出错误，我自己的想法是：通过判断O-O之间的距离是否在2.5A内，在这个范围内则为水分子，不在则是冰晶分子，因为查到的1h冰晶的O-O键长为2.7A，最终获得自由水分子个数，模型中用的tip4p水分子。
set outfile [open growthrate.dat w]
set oxygen_sel [atomselect top "name OW"]
#在某一帧上进行循环
set nf [molinfo top get numframes]
proc analyze_frame {} {
    global oxygen_sel outfile
    set num_oxygen_atoms [$oxygen_sel num]
    set frame_sum 0
    for {set i 0} {$i < $num_oxygen_atoms} {incr i 1} {
        set atom1 [$oxygen_sel get $i]
        set neighbors [$oxygen_sel within 2.5 of $atom1]
        set num_neighbors [llength $neighbors]
        if {$num_neighbors > 1} {
            incr frame_sum
        }
    }
    puts $outfile $frame_sum
}
#在每一帧上进行循环
animate goto 0
for {set i 0} {$i < $nf } {incr i} {
    animate goto $i
    analyze_frame
}
#关闭文件
close $outfile
puts "All Done!"

错误信息：


还请大家帮忙看一下哪里出错了

sobereva

atomselect对象根本没有get后面跟上一个序号的用法

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt了解get该怎么用：

ysrhhhh

sobereva 发表于 2024-4-23 08:44
atomselect对象根本没有get后面跟上一个序号的用法

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www ...

谢谢社长，我重新修改了一下，但还是出现了问题，以下是我修改后的文件，这次是within这里出现了报错(invalid command name)，但是反复尝试了其他表示，还是没有解决，还请指点，还有修改了上次的错误部分没出现报错，但是还是没有完整运行下来，也烦请再看下是否合理
set outfile [open growthrate.dat w]
set oxygen_sel [atomselect top "name OW"]
#在某一帧上进行循环
set nf [molinfo top get numframes]
proc analyze_frame {} {
    global oxygen_sel outfile
    set num_oxygen_atoms [$oxygen_sel num]
    set frame_sum 0
    for {set i 0} {$i < $num_oxygen_atoms} {incr i 1} {
        foreach j [$oxygen_sel list] {
            set coordinate($j) [atomselect top "index $j"]
        set neighbors [ $oxygen_sel within 2.5 of $coordinate($j)]
        set num_neighbors [llength $neighbors]
        if {$num_neighbors > 1} {
            incr frame_sum
        }
      }
    }
    puts $outfile $frame_sum
}
#在每一帧上进行循环
animate goto 0
for {set i 0} {$i < $nf } {incr i} {
    animate goto $i
    analyze_frame
}
#关闭文件
close $outfile
puts "All Done!"

牧生

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sobereva

ysrhhhh 发表于 2024-4-23 21:23
谢谢社长，我重新修改了一下，但还是出现了问题，以下是我修改后的文件，这次是within这里出现了报错(inv ...

明显用法不对
within只能出现在选择语句里，而$oxygen_sel是个atomselect对象，后面显然不能直接接一个选择语句，根本没有这种用法