相同化学环境的原子的原子电荷差异很大

niumx · 发表于 Post on 2024-5-9 22:20:46

各位老师好！
   我在利用ligpargen网站得到如下分子1的itp文件后，发现处于对称位置的各个N原子的原子电荷之间有较大的数值差异；而我在练习得到另外一个较小分子2的itp文件时，对称的N原子的原子电荷也并不是完全相同，但是数值差异没有前者大。这是为什么呢？对计算结果有影响吗？该如何解决？
   下图分别为分子1和分子2的结构图，以及关于它们原子电荷的数值。
   期盼各位老师的回复。

分子1.txt (825 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7)

分子2.txt (193 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-10 23:13:50

没完整的ligpargen给的结构文件和itp文件，别人根本没法理解你说的情况
注意ligpargen可能导致原子序号重排

niumx · 发表于 Post on 2024-5-11 13:01:36

谢谢老师提醒，我现在补充上分子的itp和gro文件。分子1是近几天ligpargen网站生成的itp和gro文件；分子2的itp文件大概是半年多之前离线版ligpargen提供的，分子2的gro文件只有MD过程中的。
我的问题是：①分子1的12N个原子全对称，即处于相同化学环境，为什么原子电荷会出现差距？甚至出现了最小电荷（-0.1964）和最大电荷（-0.8633）的差距为0.6667的情况。
②分子2对称位置的两个N的原子电荷也不完全相同，但是它们电荷差距似乎可以容忍。所以我想请教：处于相同化学环境的原子，它们之间的原子电荷相差多少可以算做电荷分配异常，是否有一个衡量标准。
③如果确实是ligpargen生成itp文件时，原子电荷分配出现问题，是什么原因呢？又该如何解决呢？是借助其他软件对结构进一步优化再次提交ligpargen，是用其他原子电荷比如Multiwfn得到的1.2*CM5电荷，还是其他的方法？
以上就是我的疑问，期待老师的回复。

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[GROMACS] 相同化学环境的原子的原子电荷差异很大

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