GROMACS 求助：DES低共熔体系崩溃

HNUST

老师们好，我在使用gromacs做DES低共熔体系的分子动力学模拟，但是体系似乎总是崩溃：
我的思路如下
1. 体系大小设置为10x10x10nm的盒子，乳酸：脯氨酸=1：2（摩尔比，并且一共占体积比为80,水的体积比为20）
2. 考虑堆积效率，最终设置脯氨酸1100个。乳酸2200个，水6600个，然后packmol建模
3. 体系过于密集，能量最小化无法收敛，所以PDB->GRO的时候，我把盒子大小设置为边长15nm,得以收敛。
4. nvt、npt体系直接崩溃（核心转储存），我注意到有这样的输出：
        Update groups can not be used for this system because atoms that are (in)directly constrained together are interdispersed with                  other atoms
此时我将  constraints=h-bonds改为all-bonds,nvt、npt得以正常进行
5. nvt完成，npt我采用多次平衡，最后使用gmx能量分析指令，温度、压强、密度、盒子每个方向的长度都非常稳定，rmsd波动极小
6. 最后MD生产模拟过程中体系崩溃，报错：核心转储存，我尝试更改constraints，如果再采用h-bonds也直接报错。

以下是npt主要参数：
integrator              = md        ; leap-frog integrator
nsteps                  = 500000    ; 2 * 500000 = 1000 ps
dt                      = 0.001     ; 2 fs
continuation            = yes       ; continuing from NVT
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = all-bonds   ; bonds to H are constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
cutoff-scheme           = Verlet
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 5      ; largely irrelevant with Verlet
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = cutoff
vdw-modifier            = force-switch
rvdw-switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
coulombtype             = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
rcoulomb                = 1.2
pme_order               = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT
tcoupl                  = V-rescale                     ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                 = Water non-Water    ; two coupling groups - more accurate
tau_t                   = 1  1                  ; time constant, in ps
ref_t                   = 313.15   313.15                     ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl                  = Parrinello-Rahman                     ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype              = isotropic                     ; uniform scaling of box vectors
tau_p                   = 5.0                           ; time constant, in ps
ref_p                   = 1.0                           ; reference pressure, in bar
compressibility         = 4.5e-5                        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling        = com
pbc                     = xyz       ; 3-D PBC

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如果constraints             = H-bonds  ，体系在nvt的时候就直接崩溃：核心转存储，此时约束主所有键，就能正常运行。但是不能进行长时间的npt
所以我采用多轮nvt、npt,最后一次npt完成以后使用自带的gmx energy指令发现收敛的非常好：盒子大小、密度、温度、压强等非常稳定（rmsed波动极小）
但是md生产阶段过一会就会核心转存储，改了很多参数，md依旧无法运行到最后

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2. 我还采用了其他方法：直接建立一个边长20nm的盒子，使用gmx自带插入分子指令，nvt、npt依旧是核心转存储（在约束=h-bonds的情况下），如果将约束改为all-bonds,体系nvt、npt可以进行，但是md还是会出现核心转存储

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已解决，DES体系要改缩放因子fudgeLJ        fudgeQQ