关于添加离子时出现“Invalid order for directive atomtypes”的问题求助

琦锅锅

我在进行“gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr”时出现Fatal error:Syntax error - File Xanthoangelol.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
我尝试修改top文件，加上itp里面的atomtypes到top里，但还是会有报错的地方，不知道该如何处理才好？请问遇到这种问题，该怎么修改

琦锅锅

把[atomtype]加在top文件[moleculetype]前面，运行以后还是出现同样的错误，不知道该如何处理

sobereva

一看截图就是错的，你对拓扑文件的理解一团糟
一个[moleculetype]里面怎么可能定义两个分子

明明Xanthoangelol.itp里都定义了[atomtypes]，你还把这个itp在靠后的位置include，明显导致其中的[atomtypes]出现在其它的[moleculetype]后头

琦锅锅

sobereva 发表于 2020-9-17 12:47
一看截图就是错的，你对拓扑文件的理解一团糟
一个[moleculetype]里面怎么可能定义两个分子

好的，谢谢sob老师，我会增强对这部分知识的学习

Alpaca

请问这个问题你解决了吗？我今天也遇到这样的问题，麻烦解答一下

lixuan

Alpaca 发表于 2023-5-27 20:41
请问这个问题你解决了吗？我今天也遇到这样的问题，麻烦解答一下

请问你解决这个问题了吗？

pupukoNANA

lixuan 发表于 2023-6-29 14:09
请问你解决这个问题了吗？

任何时间（步骤），任何地点（在.top里使用#include的位置），把你要包含的文件内容看作直接复制进去，[atomtypes]是否出现在[moleculetypes]的后面。或者你粗暴点，文件备份然后直接复制进去，在所有[atomtypes]处向上查找，能找出来就是fatal error

hanlu

我今天也遇到这种报错，归根结底是以下几个原因: 1 要知道在top文件里面中atomtypes永远都要在moleculetype前面，这点是毋庸置疑的，因此include itp文件要注意，2 有的人知道第一点，但是在蛋白生成拓扑文件的时候，对于蛋白的itp文件不是很了解，仅有一个蛋白的话，这个蛋白的itp内容就是在topol文件里面；如果有两条链的蛋白或者离子的话，就会产生单独的itp文件，就只会在topol文件中引入，这两点仅是个人观点。

QYQ

hanlu 发表于 2023-10-19 17:00
我今天也遇到这种报错，归根结底是以下几个原因: 1 要知道在top文件里面中atomtypes永远都要在moleculetype ...

请问老师2、具体要怎么解决呀，我正在做一个两条链的蛋白的动力学模拟，到了加离子这一步显示有错误：Fatal error:
Syntax error - File topol.top, line 40
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
看文件夹的文件确实生成了两条链的itp文件

乐乐乐

QYQ 发表于 2024-5-15 20:35
请问老师2、具体要怎么解决呀，我正在做一个两条链的蛋白的动力学模拟，到了加离子这一步显示有错误：Fat ...

你解决了吗？我也是两条链