求助：PET塑料半结晶模型的晶体结构中，链两端原子间的非键相互作用被异常排除

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【问题已解决】后来排查出是主top文件的顺序问题，把PET晶体和PET非晶体放反了，打扰各位老师了

以下为原帖：

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各位老师：

         大家好，我现在正在参考CEJ上的一篇文献（https://doi.org/10.1016/j.cej.2023.142949）的建模方法模拟特定结晶度的聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET），在盒子和拓扑文件构建完成后，em过程正常结束了，优化后的结构也比较合理（附件1），但是在298.15K，1.0bar的NPT模拟的一开始就遇到了这样的报错：The largest distance between excluded atoms is 10.556 nm between atom 652 and 655, which is larger than the cut-off distance. This will lead to missing long-range corrections in the forces and energies. 其中，652原子是附件1中标出的绿色原子，655原子时附件1中标出的白色原子。

         我参考了之前的一篇相关的帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-38827-1-1.html），怀疑是我在拓扑文件或者结构文件中错误地定义了键连接关系，导致GROMACS 2025将652号碳原子和655号氢原子识别为了需要被排除非键相互作用的原子对，从而导致报错，但是我检查了我的盒子的pdb文件（附件2）和各拓扑文件（附件3-6），并未发现652号原子和655号原子间被定义过小于等于3个化学键的连接关系，因此有些困惑，不知道还可能是哪些地方的问题，还望各位老师能够帮忙解答，非常感谢。

附：结构文件和拓扑文件的构建过程

1）PET无定形结构和拓扑文件构建：使用AutoFF的聚合物建模模块中的均聚物建模完成，聚合度为10，两端均采用甲基封端，力场选用GAFF2力场，电荷则由xtb先优化构建的PET单条链的结构（附件7），随后在B3LYP-D3(BJ)/6-311G**下用Gaussian16计算单点能，并使用Multiwfn计算其经典RESP电荷

2）PET晶体结构文件构建：使用CCDC数据库中查到的PET的CIF文件，并在Materials Studio 2020中用Calculate Bonds构建其成键关系并补氢，随后将其扩建为4条（2×2）聚合度为10的超胞，并在Materials Studio 2020中去除周期性。为保证其化学结构和无定形结构一致，我将去除周期性后的链同样修改为了甲基封端，由于这一结构中包含的原子数多达888个，因此为便于后续Multiwfn的RESP电荷计算，我使用Python脚本（附件8）对结构（被命名为PET_Crystallinity.pdb）中各原子的序号以未优化的无定形结构（被命名为PET.pdb）为模板进行了重排，使得各条链的序号间不存在交叉的现象，并且各链中处于相同位置的原子的顺序保持一致，详细结构见附件9

3）PET晶体拓扑文件构建：取附件9中的前222个原子和前222个原子间的所有连接关系（1条链），构建出晶体结构中单链的pdb文件，上传至AutoFF，获得其GAFF2力场下的itp文件，并在B3LYP-D3(BJ)/6-311G**下用Gaussian16计算单点能，并使用Multiwfn计算其经典RESP电荷

4）PET半结晶结构文件构建：用Packmol按晶体结构占12%的比例，构建总计包含400条链（352条无定形，4×12=48条晶体）的500×500×500的盒子

注：所有附件均按附件x的方式命名并放在“附件.7z”压缩包中