求助使用gromacs研究多聚体糖类靶向一个蛋白时的作用机制的问题

BlinBlin

各位老师好，导师想让我研究一个多聚体糖类靶向一个蛋白时的作用机制，因为不是学相关专业的，所以有几个问题想请教一下：
1.我使用gromacs将这个多聚体糖放在了距离蛋白3nm左右的地方，然后进行了1.5微秒的分子动力学模拟，得到了在靶向过程中哪种作用是主要作用。在这1.5微秒内，多聚体与蛋白结合一段时间后断开了，然后又在蛋白的不同位置重新结合上了，出现了两三种结合时间比较久的结构。我可以提取出这两三种结构，然后每种结构再进行几百ns的分子动力学模拟，分析多聚体和蛋白结合之后是如何作用以及哪种结构中多聚体与蛋白结合的更好吗？
2.我在学习gromacs过程中，发现很多做蛋白-配体的是在做药物筛选，是先使用分子对接软件进行对接，然后将对接后的结构进行分子动力学模拟。所以我也将多聚体糖和蛋白进行了对接，但对接结果和1中单独跑分子动力学的结构对应不上，想请问这是什么原因呢？哪种做法更科学一些呢？
3.就我的知识背景而言，感觉我无法用实验验证这个多聚体糖和蛋白靶向后的结构。如果没有实验支撑，这个模拟可以单独发一篇文章吗？
可能都是一些比较基础的问题，希望各位老师能给些指导

Seyilaxa

1. 1.5ns和ps级别的模拟没有办法说明什么问题，这个时间尺度上得到的可能都不是稳定的结构，而是一些随机的结合。
2. 两个自由摆放的大分子通过随机碰撞的方式要得到稳定的结合方式可能需要很长的时间，分子对接是初步预测一批能量较低的结合构象，然后再分别进行分子动力学模拟验证结合模式是否合理。这样从原理上来说更有效率，并且更容易得到稳定结合的构象
3. 我不太了解这个领域，但我想这取决于模拟体系是否新颖，模拟的数据量是否充分，计算后的数据分析是否合理且完备，以及想发什么水平的期刊

BlinBlin

Seyilaxa 发表于 2024-5-15 20:56
1. 1.5ns和ps级别的模拟没有办法说明什么问题，这个时间尺度上得到的可能都不是稳定的结构，而是一些随机的 ...

不好意思！1中是跑了1.5微秒，记错了 实在是不好意思
请问跑了微秒后的结构算是稳定结构吗？提取这段时间中两三个结合时间较久的结构再跑分子动力学模拟进行分析合理吗？
跑了微秒后的结果与分子对接的结果也对不上

Seyilaxa

BlinBlin 发表于 2024-5-15 21:46
不好意思！1中是跑了1.5微秒，记错了 实在是不好意思
请问跑了微秒后的结构算是稳定结构吗？提 ...

不一定，就像上面说的，通过随机碰撞使两个分子恰好以最稳定的构象结合概率是极低的
两个大分子结合可能有很多介稳的结构，如果长时间模拟后复合物结构基本不变，可以认为得到了一个相对稳定的结构，也就是许多个介稳态之一。某一个介稳的结构和分子对接的结果对不上是正常的
如果想要研究最稳定的状态，分子对接得到的结果从原理上来说可能更加合理一些。

BlinBlin

Seyilaxa 发表于 2024-5-15 22:56
不一定，就像上面说的，通过随机碰撞使两个分子恰好以最稳定的构象结合概率是极低的
两个大分子结合可能 ...

好嘞好嘞，谢谢您！
还有一个疑问：1中用gromacs模拟多聚体和蛋白结合的过程，分析哪种作用占主导，这是可行的吗？

Seyilaxa

BlinBlin 发表于 2024-5-16 10:05
好嘞好嘞，谢谢您！
还有一个疑问：1中用gromacs模拟多聚体和蛋白结合的过程，分析哪种作用占主导，这是 ...

这个得具体的体系具体分析。如果在确定得到了稳定结构的前提下，在长时间模拟中结构没有整体变化且某一残基与另一个大分子的结合非常稳定，确实可以在一定程度上认为这个残基起到一定的稳定作用，再加以分析。
当然这还是得取决于分析模拟结果的方法，确保言之有理即可。我对这个方向了解不多，可以找类似体系的模拟文章看看别人是怎么分析的

BlinBlin

Seyilaxa 发表于 2024-5-16 19:42
这个得具体的体系具体分析。如果在确定得到了稳定结构的前提下，在长时间模拟中结构没有整体变化且某一残 ...

好的好的，非常感谢！