AMBER、OPLS、CHARMM最新版本的mdp文件设置

wuzhiyi

我一直都是用amber的，最近想做一些立场比较的事情，结果发现好像用别的立场没想象的这么容易，所以想问问大家的经验。
一般对gromacs来说，mdp可以调整的有两个，一个是对库伦力的描述，一个是对vdw力的描述。
对库伦力没啥好说的，PME下面的这些参数稍微变变没啥区别，默认的就足够了。
vdw的话就很讨厌了，我平时用amber14sb，虽然文章里写8A cutoff，但我们一般用10A的potential shift cutoff。
但CHARMM36m和CHARMM36好像不一样，我们过去有人用CHARMM36，然后用的是force-switch从10A到12A然后不带色散修正。但因为我想用CHARMM36m，所以一读文章，发现他们说：
Lennard-Jones interactions were truncated at 12 Å with a potential switching function from 10 to 12 Å
啥为啥用potential switching了，CHARMM36文章里到写的是force switch，所以CHARMM36m到底应该用force switch还是potential switching。

opls-aa/m就更讨厌了，文章里就一句话
Nonbonded cutoffs were employed at 11 Å with a smoothing function starting at 9 Å
到底是怎么养一个smoothing function也没说。。。所以想问问大家的意见。。

fhh2626

范围就设得和拟合参数的文献一样就行了，smoothing function影响很小的，不必在意

wuzhiyi

fhh2626 发表于 2019-11-25 09:43
范围就设得和拟合参数的文献一样就行了，smoothing function影响很小的，不必在意

谢谢老师

CCCCCC921

您好，请问amber14sb力场的所有mdp文件和charmm36的是都不一样吗，还是只有md.mdp文件不一样呢；您知道有能找到amber14sb力场所有相关的mdp文件的网址吗，能否推荐一下

17-li

你好，请问charmm36m力场文件是在哪下载的呢？我只找到了charmm36