求gromacs的Linux系统的Steered Molecular Dynamic教学

iscadye · 发表于 Post on 2024-5-21 10:22:00

各位老师，请问有没有gromacs的Linux系统的Steered Molecular Dynamic教学，谢谢

Dempey · 发表于 Post on 2024-5-21 10:57:17

关于SMD，可以看这两篇帖子：
GROMACS中伞型采样算法应用详解
GROMACS中伞型采样实例-以分子跨越皮肤为例（附code）

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-5-21 11:13:19

也可利用plumed和gmx共同实现SMD，这样相较于单独使用gmx进行SMD效率更高，而且没有那么多限制。对于plumed和gmx共同实现SMD的例子可参看plumed教程中SMD部分(https://www.plumed.org/doc-v2.8/user-doc/html/belfast-5.html)

xiaowu759 · 发表于 Post on 2024-5-21 14:08:57

谢谢分享！

iscadye · 发表于 Post on 2024-5-21 15:34:12

Dempey 发表于 2024-5-21 10:57
关于SMD，可以看这两篇帖子：
GROMACS中伞型采样算法应用详解
GROMACS中伞型采样实例-以分子跨越皮肤为例 ...

感谢分享

iscadye · 发表于 Post on 2024-5-21 15:34:36

lucky1999 发表于 2024-5-21 11:13
也可利用plumed和gmx共同实现SMD，这样相较于单独使用gmx进行SMD效率更高，而且没有那么多限制。对于plumed ...

谢谢分享

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