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[GROMACS] ORCA计算RESP原子电荷报错

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想做一下蛋白和小分子配体的模拟,用sobtop_1.0(dev3.2),得到itp文件之后发现小分子没有电荷,尝试用Sob老师编写的ORCA脚本(RESP2_ORCA.sh)计算小分子电荷。

glu H.mol2 (1.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) opt.out (26.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
在计算之前还要进行几何优化嘛。

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发表于 Post on 2024-4-19 03:12:10 | 只看该作者 Only view this author
这个脚本里已经自带了几何优化步骤,博文里都明确说了
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 09:52:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-19 03:12
这个脚本里已经自带了几何优化步骤,博文里都明确说了
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷 ...

Sob老师,是这样的但是他显示优化不成功,就直接退出脚本了,然后打开opt.out,也只看到几何优化失败,但是不知道为什么失败

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发表于 Post on 2024-4-19 10:50:12 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-4-19 09:52
Sob老师,是这样的但是他显示优化不成功,就直接退出脚本了,然后打开opt.out,也只看到几何优化失败,但 ...

上面报错信息已经写的非常清楚了,解决方法也提供了。如果还看不明白的话,看卢老师博文《root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法》。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 23:08:34 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2024-4-19 10:50
上面报错信息已经写的非常清楚了,解决方法也提供了。如果还看不明白的话,看卢老师博文《root用户在用op ...


有出现了线程报错,上一个帖子我看了修改了,这个报错又是怎么回事呀

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发表于 Post on 2024-4-20 07:49:28 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-4-19 23:08
有出现了线程报错,上一个帖子我看了修改了,这个报错又是怎么回事呀

ORCA输入文件里设的并行线程数超过了mpirun给的核数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-21 13:41:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-20 07:49
ORCA输入文件里设的并行线程数超过了mpirun给的核数

老师之前有个帖子说更改slurm脚本可以解决(关于ORCA在超算上运行的not enough slots available in the system问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 4&fromuid=57847
(出处: 计算化学公社)
)但是我不知道是哪一个脚本,
我看网上也有加命令来忽视这个东西的但是我加了也没有用,

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发表于 Post on 2024-4-21 16:57:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2024-4-21 17:17 编辑
lxhpdx 发表于 2024-4-21 13:41
老师之前有个帖子说更改slurm脚本可以解决(关于ORCA在超算上运行的not enough slots available in the s ...

你先解决有无,先运行起来了再说。直接把并行核数改成1,绝对不会因为核数,mpirun的问题而出错。


等你意会到mpi,物理核数等意义以后,再把核数改到合适。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-21 21:23:48 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2024-4-21 16:57
你先解决有无,先运行起来了再说。直接把并行核数改成1,绝对不会因为核数,mpirun的问题而出错。

我把nprocs改成了1,终于done了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-24 16:53:36 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2024-4-21 16:57
你先解决有无,先运行起来了再说。直接把并行核数改成1,绝对不会因为核数,mpirun的问题而出错。

老师,下面第一张是我跑gromacs的时候,用的线程,
但是用ORCA——RESP脚本计算电荷的时候nprocs只能设置为1,别的数字运行,就报错。
这个要怎么设置让服务器算的快一些呀










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发表于 Post on 2024-5-24 20:29:27 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-5-24 16:53
老师,下面第一张是我跑gromacs的时候,用的线程,
但是用ORCA——RESP脚本计算电荷的时候nprocs只能设 ...

大概率因为你没装好openmpi
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-24 22:29:31 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2024-5-24 20:29
大概率因为你没装好openmpi


我看都装好了呀,是因为我的gcc和gfortran版本不一样嘛

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