如何利用packmol生成含有离子的溶液模型

Cobalt1230 · 发表于 Post on 2023-7-1 21:04:15

本帖最后由 Cobalt1230 于 2023-7-1 21:10 编辑

第一步，material studio软件中电荷分布优化后的带电离子（高氯酸根）。
第二部，导出成pdb文件后就不再具有电荷分布的描述了。也就意味着，下一步用packmol生成含有该种离子的溶液模型（盒子）时，不具备电荷。
请问应该如何解决这种情况，利用packmol生成含有离子的溶液模型？
顺便询问，material studio中的amorphous cell为何在生成1个“高氯酸根”和100个“水分子”时总是报错？所以才转用packmol的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-2 02:05:17

强烈建议用GROMACS模拟这种体系，速度比M$快两个数量级还完全免费还灵活得多，用户群还比M$多N倍有问题还容易找到人帮你
用GROMACS跑这个的标准流程（结果还绝对比简单粗暴地用M$更好、被同行更加认可）：
packmol建模
计算高氯酸根的RESP2(0.5)原子电荷，参考《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/531）
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建高氯酸根的拓扑文件，并且用之前算出来的RESP2(0.5)原子电荷
自己编辑个top文件，include该include的东西（水和高氯酸根的itp文件，以及AMBER力场的forcefield.itp），把[molecules]里恰当填上各类分子信息以和结构文件对应
然后grompp、mdrun跑起来就完了

牧生 · 发表于 Post on 2023-7-2 08:40:44

CLO4.itp (2.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

CLO4.pdb (555 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 30)

帮你做了个高氯酸根的itp，用的是RESP2电荷。

mann · 发表于 Post on 2024-5-30 11:11:08

牧生发表于 2023-7-2 08:40
帮你做了个高氯酸根的itp，用的是RESP2电荷。

刚好要用这个离子，非常感谢！！！

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