请教一下怎么在GROMACS中添加自定义溶剂？

samuel · 发表于 Post on 2024-5-31 22:44:44

请教一下怎么在GROMACS中添加自定义溶剂？例如把分子溶解在甲苯中

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-31 23:34:59

模拟一个甲苯盒子，完全平衡后得到.gro文件。使用 gmx solvate 的时候用 -cs 甲苯盒子.gro

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-1 09:50:16

用楼上说的gmx solvate的做法最理想。如果你懒得先单独对甲苯盒子跑NPT，就用packmol
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

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