为什么我的蛋白质在经过pdb2gmx后，其中的氨基酸结构发生变化

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-9 14:04:57

我的蛋白质文件开始时，其中的HYP里含有氧双键，但是经过pdb2gmx后，HYP的氧双键变成了氧单键，这是为什么呢？

Huschein · 发表于 Post on 2024-6-9 14:53:14

只是改成了gmx的格式罢了，pymol是根据atom type来显示的，你要不想这样自己改atom type就行

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-9 19:10:33

只是显示的风格而已。不影响计算，分子模拟本没有单键双键的区别，力场（键相关参数）正确就行了。

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[GROMACS] 为什么我的蛋白质在经过pdb2gmx后，其中的氨基酸结构发生变化