氧化物TiO2周期性结构表面吸附如何生成TOP文件？

王刚 · 发表于 Post on 2024-6-9 19:01:09

开始学懂得不多，恳请大佬耐心解答，使用建模工具ms，三层TiO2,原子总数802个
想用sobtop生成top,itp文件，但了解到mol2文件不能包含周期性边界，sobtop网站上也没有相关周期性计算的例子
目前导出包含周期性边界的cif文件，该文件能被gaussian软件识别，
建模软件需要更换吗，还是更换itp和top文件生成的软件？

牧生 · 发表于 Post on 2024-6-9 21:44:10

你没认真看

只要首尾形式成键，那就是周期性的，参考例6~例11

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-6-10 20:52:14

直接在AuToFF的MOF/COF模块，或者晶体模块上传cif，选择Crystal/TiO2或者interface力场

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[GROMACS] 氧化物TiO2周期性结构表面吸附如何生成TOP文件？

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