计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1202|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 为什么自由基反而远离富勒烯?

[复制链接 Copy URL]

44

帖子

0

威望

581

eV
积分
625

Level 4 (黑子)

本帖最后由 zhangs 于 2024-4-8 20:57 编辑

请教下各位,我用GROMACS对富勒烯和自由基跑了动力学,理论上应该是自由基贴近富勒烯,但动力学结果却是自由基远离富勒烯,无论是有无PBC均不会靠近,不知为何?请各位大佬解惑

0ps.png (194.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

0ps

0ps

4ps.png (19.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

4ps

4ps
事以密成,语以泄败

203

帖子

0

威望

3454

eV
积分
3657

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2024-4-9 08:19:55 | 只看该作者 Only view this author
你是否需要的是这个?
http://sobereva.com/576

44

帖子

0

威望

581

eV
积分
625

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-9 11:47:20 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2024-4-9 08:19
你是否需要的是这个?
http://sobereva.com/576

感谢您的回答,对我有很大的帮助
事以密成,语以泄败

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-4-9 12:11:03 | 只看该作者 Only view this author
温度太高,热运动导致克服了吸引势作用,或者当前势函数不合理
如果你期望的是反应发生,GROMACS没法模拟,不支持反应力场
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

581

eV
积分
625

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 17:07:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-9 12:11
温度太高,热运动导致克服了吸引势作用,或者当前势函数不合理
如果你期望的是反应发生,GROMACS没法模拟 ...

老师,降低温度还是不太理想,请问这个势函数是通过力场呈现吗?
事以密成,语以泄败

327

帖子

2

威望

2811

eV
积分
3178

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2024-4-19 21:25:59 | 只看该作者 Only view this author
zhangs 发表于 2024-4-19 17:07
老师,降低温度还是不太理想,请问这个势函数是通过力场呈现吗?

如果只是一个富勒烯和一个自由基分子,用CP2K跑一下就行

44

帖子

0

威望

581

eV
积分
625

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 22:35:13 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2024-4-19 21:25
如果只是一个富勒烯和一个自由基分子,用CP2K跑一下就行

老师,cp2k可以模拟出靠近的过程吗?
事以密成,语以泄败

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-4-20 07:52:46 | 只看该作者 Only view this author
zhangs 发表于 2024-4-19 17:07
老师,降低温度还是不太理想,请问这个势函数是通过力场呈现吗?

显然势函数体现在力场上
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2024-4-20 07:57:17 | 只看该作者 Only view this author
zhangs 发表于 2024-4-19 22:35
老师,cp2k可以模拟出靠近的过程吗?

可以
而且还可以直接给初速度让自由基打向富勒烯

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里面都有相关的现成例子





北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

44

帖子

0

威望

581

eV
积分
625

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-11 21:41:37 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2024-4-19 21:25
如果只是一个富勒烯和一个自由基分子,用CP2K跑一下就行

大佬你好,请问在cp2k上用什么方法和基组跑啊
事以密成,语以泄败

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 17:30 , Processed in 0.410022 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list