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[分子对接] Vina多配体分子对接怎么知道其中任一配体单独的对接分数?

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本帖最后由 aaaaaaaaaaa 于 2024-6-17 21:32 编辑

各位老师好,
我使用vina对两个小分子分别进行单配体对接以及多配体(两个小分子一起)对接。
得到了结合能分数。
但我还是无法比较A小分子在B小分子作用下结合受体的能力变强or竞争抑制。
我需要知道多配体对接中A小分子在结合能分数的贡献(或者说这个pose有和受体结合能分数是多少)
有办法根据已知的多配体-受体结合复合体构象知道其中单一配体的对接分数吗?(比如说我把多配体的结果拆分成一个配体-受体的构象,可以从脚本中计算它的对接分数吗)

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发表于 Post on 2024-6-18 11:16:14 | 只看该作者 Only view this author
1)要拆成单个配体,vina --score_only算对接分数;
2)不确定vina的打分能不能反映“A小分子在B小分子作用下与受体的结合能力”;

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