求助，能量最小化时分子散开；紧接NPT计算，分子键长不对

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-30 23:13:40

本帖最后由 Tanghaoru 于 2024-1-31 03:44 编辑

目的：Gromacs模拟MIBK(甲基异丁基酮)萃取EC（碳酸乙烯酯）和EG（乙二醇）混合液的EC。

问题：使用VMD（用命令行的形式打开了能量最小化后的gro文件和trr文件）查看盒子情况，发现部分分子变形；随后继续NPT计算，再用VMD查看(打开NPT后的gro文件和xtc文件)查看盒子情况，发现分子的键拉伸不正常。请问如何修正参数，我摸索了一天，始终没找到解决办法。求指导，感谢！

流程：1）使用LigParGen在线工具，生成MIBK、EC、EG分子的itp文件，力场为opls。2）随后用packmol搭建了盒子。3）使用Gromacs整合文件(top文件的力场为opls), 输出tpr文件时，有warning（在图一，Excluding 3 bonded neighbours molecule type ‘EG’ ‘EC’ ‘MIBK’）。不知是不是这个Warning，导致能量最小化后，分子变形。

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-31 03:11:04

参考这篇的做法“http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html”

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-31 03:45:42

解决了胡乱成键

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-31 03:46:49

那个分子散开缺失，还不知道怎么回事

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-31 04:15:17

Tanghaoru 发表于 2024-1-31 03:46
那个分子散开缺失，还不知道怎么回事

通常是拓扑信息有问题，该有的项没有，或者力场参数有严重问题

推荐sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件，只要给sobtop的mol2文件里连接关系在gview正确，就不会有这种问题

Tanghaoru · 发表于 Post on 2024-1-31 09:46:54

sobereva 发表于 2024-1-31 04:15
通常是拓扑信息有问题，该有的项没有，或者力场参数有严重问题

推荐sobtop（http://sobereva.com/soft ...

好的谢谢sob老师！我再排除下。

gx8722 · 发表于 Post on 2024-6-18 17:08:57

Tanghaoru 发表于 2024-1-31 09:46
好的谢谢sob老师！我再排除下。

解决了吗，我也会这样

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