关于PMF(potential of mean force),可以用Lammps进行计算得到吗？

一舸归 · 发表于 Post on 2019-6-20 23:14:00

我看可以用限制分子动力学（constrained molecular dynamics）和伞形采样方法（umbrella sampling）进行计算，可是Lammps有命令可以实现吗？应该如何操作，有前辈指导一下吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-6-21 13:55:14

要用Lammps里面的colvars模块，具体看Lammps手册

constrained molecular dynamics早就过时了，现在根本没人用
umbrella sampling在colvars里面使用非常麻烦，而且有正交空间采样问题，个人也不太推荐

用colvars的话，建议用里面的eABF或者metadynamics

一舸归 · 发表于 Post on 2019-6-24 12:57:12

fhh2626 发表于 2019-6-21 13:55
要用Lammps里面的colvars模块，具体看Lammps手册

constrained molecular dynamics早就过时了，现在根本 ...

麻烦请问一下eABF和abf在设置的时候有什么区别需要注意的吗？

JCenter · 发表于 Post on 2024-6-17 22:39:07

fhh2626 发表于 2019-6-21 13:55
要用Lammps里面的colvars模块，具体看Lammps手册

constrained molecular dynamics早就过时了，现在根本 ...

付博，您好。我想问一下关于正交空间采样的问题。我看了《重要性采样方法与自由能计算》这篇中文小综述。但是没理解，相互正交的具体物理意义是指，那个方程组没理解其物理意义。

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-6-19 10:14:00

JCenter 发表于 2024-6-17 22:39
付博，您好。我想问一下关于正交空间采样的问题。我看了《重要性采样方法与自由能计算》这篇中文小综述。 ...

正交空间就是你选择的CVs不能描述的运动模式所形成的空间

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[Lammps] 关于PMF(potential of mean force),可以用Lammps进行计算得到吗？

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