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[GROMACS] gmx模拟浓度扩散相关问题

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各位老师好,我想要模拟离子在浓度梯度驱动下的扩散,下面是我的模拟体系,中间为蒙脱土片层,两侧分别为0.5mol以及0.01mol的NACL溶液,为防止离子从高浓度一侧跨盒子跑到低浓度一侧,我在盒子两侧分别放置了两个石墨烯板,但是由于模拟体系中其他原子均采用Clayff力场,石墨烯采用GAFF力场,总是模拟崩溃,后续我又将石墨烯板换成蒙脱土片层,并将其原子电荷均设置为0,系统能够正常运行,请问各位老师这种做法是否合理,审稿人问起来该如何回答?

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发表于 Post on 2024-5-14 07:58:19 | 只看该作者 Only view this author
石墨烯片本来也不是唯一的障碍物,能达到目的就完了,用wall也可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-14 10:57:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-14 07:58
石墨烯片本来也不是唯一的障碍物,能达到目的就完了,用wall也可以

好的明白,非常感谢老师的解答

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发表于 Post on 2024-6-26 16:01:07 | 只看该作者 Only view this author
您好,想和您请教下中间的蒙脱土片层的这种排列结构是怎么构建的呢,另外这些蒙脱土层的周期性是怎么考虑的呢,比如盒子边缘处是考虑周期性成键了吗?

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