求助：使用GROMACS模拟溶液中苯分子的聚集现象报错（提示ben.itp不正确）

SummerWine

使用GROMACS模拟溶液中苯分子的聚集现象，使用sobtop生成了拓扑文件，使用Multiwfn计算了RESP电荷，根据网上的资料构建了system.top和修改了ben.itp文件。
在使用GROMACS进行能量最小化时（执行gmx grompp -f minim.mdp -c box-sol.gro -p system.top -o em.tpr）报错了，报错如下：

ERROR 1 [file ben.itp, line 5]:
  Atoms in the .top are not numbered consecutively from 1 (rather, atomnr =
  1, while at->nr = 3)


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Program:     gmx grompp, version 2020.6-MODIFIED
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\toppush.cpp (line 1318)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
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它指出在输入文件（ben.itp）中存在一个问题。错误的具体内容是，在拓扑文件（.top文件）中，原子的编号没有从1开始连续编号。在这个例子中，错误信息显示有一个原子的编号是1，但是根据文件的其他部分（可能是通过at->nr访问的），这个位置的原子编号应该是3。




但是我的ben.itp中编号是从1开始的，不知道哪里改错了，请各位老师指教

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Seyilaxa

ben.itp的[moleculetype]没了

SummerWine

Seyilaxa 发表于 2024-12-12 00:01
ben.itp的[moleculetype]没了

我是根据https://zhuanlan.zhihu.com/p/571601988  这篇文章删除了ben.itp的这个部分，我不知道这部分的具体作用是什么，还请赐教。

原文引用：“删除MOL_GMX.top文件中[ atomtypes ]和[ moleculetype ]部分，及文件最后的[ system ]和[ molecules ]部分，将原子名称ca和ha分别改为opls_966和opls_967，将所有MOL替换为BEN，即得到ben.itp文件。”

Seyilaxa

SummerWine 发表于 2024-12-12 14:18
我是根据https://zhuanlan.zhihu.com/p/571601988  这篇文章删除了ben.itp的这个部分，我不知道这部分的 ...

没什么道理，我猜原文的意思应该是删除[default]和[atomtypes]
看看这篇http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=45783

SummerWine

Seyilaxa 发表于 2024-12-12 14:25
没什么道理，我猜原文的意思应该是删除[default]和[atomtypes]
看看这篇http://bbs.keinsci.com/forum.p ...

好的，非常感谢