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[Amber] MMPBSA.py计算蛋白-蛋白相互作用的结合能如何给igb赋值呢?

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利用amber自带的MMPBSA.py计算两个蛋白之间的结合能,当输入文件中的igb值设置成5时,计算出来的结合能为正值,当把igb值换成2,算出来的是负值。查看轨迹蛋白之间的结合还是正常的。查看amber手册,发现两个值的介绍存在参数上的赋值不同,但为什么计算出来的结合能会出现如此大的变化,那之后在计算结合能时又该如何给igb赋值呢?或者说不同的值适用于什么体系?谢谢解答。

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发表于 Post on 2024-7-22 10:52:33 | 只看该作者 Only view this author
一般用的都是igb=5,你可以看看这两篇论文
MM/PB(GB)SA benchmarks on soluble proteins and membrane proteins.
Improved Generalized Born Solvent Model Parameters for Protein Simulations.
由衷感谢每位帮助我的好心人

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发表于 Post on 2024-7-22 15:20:07 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2024-7-22 10:52
一般用的都是igb=5,你可以看看这两篇论文
MM/PB(GB)SA benchmarks on soluble proteins and membrane pro ...

您好,请问按照第二篇文章的说法,是否对于蛋白-蛋白体系用igb=8(GB-Neck2模型)会更好
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发表于 Post on 2024-7-23 10:05:39 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-7-22 15:20
您好,请问按照第二篇文章的说法,是否对于蛋白-蛋白体系用igb=8(GB-Neck2模型)会更好

不知道好不好,王婆卖瓜都自卖自夸呢,只是给你参考一下,万一审稿人问起来了好回答
由衷感谢每位帮助我的好心人

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发表于 Post on 2024-10-7 19:07:40 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2024-7-22 10:52
一般用的都是igb=5,你可以看看这两篇论文
MM/PB(GB)SA benchmarks on soluble proteins and membrane pro ...

想请教一下蛋白和小分子的话,igb应该是多少比较合适呀

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6#
发表于 Post on 2024-10-8 08:53:28 | 只看该作者 Only view this author
dxf 发表于 2024-10-7 19:07
想请教一下蛋白和小分子的话,igb应该是多少比较合适呀

直接看官方说明文档推荐的默认数值
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发表于 Post on 2024-10-8 13:42:21 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2024-10-8 08:53
直接看官方说明文档推荐的默认数值

感谢

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