求助：如何在AIMD NVT系综对单原子催化剂稳定性测试得到M-N键长结果

VicX

各位老师好，我想请教关于AIMD的几个问题。
之前借助B站上up主提供的INCAR、ICONST文件对我的Ni-N4模型的进行标准的从头算分子动力学模拟，充分平衡界面（10ps）；而后想计算出Ni-N键长结果。
            图1.B站上up主提供的教程                           

    图2. 界面平衡前               

     图3. 界面平衡后               

再根据参考文献（1）doi.org/10.1002/anie.202404763，The NVT ensemble simulation was implemented with a Nose–Hoover heat bath at 300 K for 10 ps, and the Cu-N distances during the simulation were collected. （2）doi.org/10.1002/anie.202215136，Ab initio molecular dynamic (AIMD) simulation with an NVT ensemble was used to evaluate the stability of substrate. The MD simulation lasted 6 ps with a time step of 2.0 fs and the temperature was controlled at 300 K by using the Nose-Hoover chain method algorithm 。

图4. doi.org/10.1002/anie.202215136
我想通过AIMD计算获得图2b、2c这样的键长变化图，请问要怎么计算呢？请问第一步的平衡界面是否有需要进行？（已配有vasp系统）

已在各平台搜索计算方法，但实在是没找到，所以冒昧打扰各位老师，不妥删。

VicX

冒昧顶一下

针灸大师容嬷嬷

键长的变化，可以把轨迹文件导入到vmd中，然后选择对应的原子，就可以了。置于预平衡，我没把握，但是我个人觉得是有必要加的。

VicX

针灸大师容嬷嬷 发表于 2024-6-19 10:48
键长的变化，可以把轨迹文件导入到vmd中，然后选择对应的原子，就可以了。置于预平衡，我没把握，但是我个 ...

你好，我第一次使用VMD软件，请问如何选择对应原子呢？在b站上找没有找到，可以麻烦请教一下吗