模拟力场和水模型的选择是否会影响体系RMSD的计算结果

一个梨 · 发表于 Post on 2024-9-14 12:13:39

为什么与文献一样，模拟同一种蛋白质在相同的溶剂环境进行相同时长的ns模拟，模拟完成后经计算得到的RMSD曲线图会大不相同，有哪些因素可能会导致它们之间的差别？

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-14 12:56:13

详见博文《谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因》
http://sobereva.com/678

别说是力场和水模型不同了,我就算是相同力场相同水模型,同样的结构,重复多次也会因为随机种子的问题,出现偏差.

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 模拟力场和水模型的选择是否会影响体系RMSD的计算结果