求助：分子动力学模拟需要去除平衡转动吗？

Kokoroodo · 发表于 Post on 2024-7-5 14:13:18

我做的是化合物和蛋白的分子动力学模拟，要去除平衡转动吗？我有个蛋白，不去除平衡转动是正常的，自由结合能大概在-16 kcal/mol，但是去除平衡转动就算不出来了，显示+inf kcal/mol，还有个蛋白，去除和不去除都差不多，都在-60 kcal/mol左右

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-5 14:52:01

你算的是啥自由结合能？没懂。

蛋白质的MD大部分情况下去除整组的平动和转动都是没问题的，后续轨迹的分析会方便很多。

Kokoroodo · 发表于 Post on 2024-7-5 15:00:04

低调的板凳发表于 2024-7-5 14:52
你算的是啥自由结合能？没懂。

蛋白质的MD大部分情况下去除整组的平动和转动都是没问题的，后续轨迹的 ...

用MMPBSA算蛋白和配体的结合自由能

Huschein · 发表于 Post on 2024-7-5 22:14:25

正常来说是没有影响的，你只需要在mmpbsa前把PBC处理好就行

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[GROMACS] 求助：分子动力学模拟需要去除平衡转动吗？