求助，如何计算体系中任意两个分子之间的距离？

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-9 19:43:13

本帖最后由 chuxuedexiaobai 于 2024-7-11 16:33 编辑

求助各位老师和同学，我整个体系有两种分子，其中一种分子有24个，我想计算这24个分子中任意两个分子的距离，设定最小距离小于0.5nm时认为接触，统计分子的相互接触次数应该怎么弄呀，请各位老师和同学指导一下。有什么指令或者bash脚本能实现吗

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-9 23:10:59

用make_mdx将特定的两个分子分别建立组，然后用pairdist计算两个组的距离

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-10 13:32:55

Seyilaxa 发表于 2024-7-9 23:10
用make_mdx将特定的两个分子分别建立组，然后用pairdist计算两个组的距离

谢谢，但是这个是只能求两个特定的分子嘛，然后我想求的是任意的两个就是不特定的距离有没有什么脚本可以用呀

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-10 15:44:30

什么叫 “统计” 这24个分子中任意两个分子的距离，是要拿到24*23/2个分子对之间的距离，一个276对数据的列表？还是平均值？

无论哪种需求，基本流程就是楼上所说的，24分子分24组，单独计算后提出来统计。

不是很理解这种数据本身有什么意义。

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-11 16:32:49

低调的板凳发表于 2024-7-10 15:44
什么叫 “统计” 这24个分子中任意两个分子的距离，是要拿到24*23/2个分子对之间的距离，一个276对数据 ...

就是我想计算的是某种分子的分子相互接触次数随时间的变化，设定其距离小于0.5nm认为接触，然后24个分子，正如您所说每一个都建组就需要计算276次，然后我就想问问有没有相关的脚本可以用，手动的话太麻烦了

lyj714 · 发表于 Post on 2024-7-11 16:36:24

必须写程序脚本实现，没有现成的，可以用python做。

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[GROMACS] 求助，如何计算体系中任意两个分子之间的距离？

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