计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 758|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 关于寻找乙烯醇相关反应过渡态时,过渡态发生异构的问题求助

[复制链接 Copy URL]

49

帖子

0

威望

760

eV
积分
809

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 400__LUX 于 2024-7-23 11:39 编辑

本人通过查阅文献发现乙烯醇存在两种构型:顺式乙烯醇和反式乙烯醇,并且文献通过构象搜索表明两者能量十分接近(约1 kcal/mol),互相异构化的能垒很低。在1000K时,顺式和反式的构型依次为:61%和39%。基于此,我想以顺式构型为主,计算小分子进攻顺式乙烯醇脱氢反应过程。以乙烯醇生成CH2C-OH自由基为例,我发现在搜索过渡态的过程中,OH会向外旋转,顺式的CH2C-OH自由基在优化过程中会慢慢变为反式的CH2C-OH自由基,进而在计算IRC后,产物和反应物均变为反式乙烯醇的脱氢过程。尝试采用calcall后,OH依然会旋转。故我的问题如下:

1.在做过渡态的时候是否可以不考虑构型的问题?但如果不考虑,会导致反应物复合物实际能量与IRC计算能量不符,从这个角度来说似乎必须考虑构象的问题。
2.如果想要得到顺式乙烯醇反应的过渡态构型,应该如何进行计算?是否应该对其做构象搜索?
3.如果进行构象搜索,旋转OH键,应该会得到很多构象,过渡态构象应该如何选择,是否是直接选择和产物(顺式CH2C-OH)相同的构象就可以?
目前还未尝试过进行构象搜索,可能描述上存在问题,还请各位大佬帮忙解答指正,谢谢。
You're On Your Own, Kid

1万

帖子

0

威望

9004

eV
积分
20764

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-7-22 23:03:58 | 只看该作者 Only view this author
本来就不是所有分子的顺式和反式构象都可以直接参与反应,所以这个结果是正常的。
但如果要严格确认顺式乙烯醇确实不能直接反应,可以把C=C-O-H键角以及过渡态生成的键的键长限制住,做构象搜索,再放开限制优化过渡态
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

49

帖子

0

威望

760

eV
积分
809

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-23 11:38:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-22 23:03
本来就不是所有分子的顺式和反式构象都可以直接参与反应,所以这个结果是正常的。
但如果要严格确认顺式乙 ...

好的,谢谢老师指点,我尝试一下。
You're On Your Own, Kid

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 21:21 , Processed in 0.207520 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list