在ms中使用ac模块构建过程中键异常现象求教

CCFZDLX

因为想用ms先构建好模型，然后在lammps里转data，使用ms的ac模块构建层，但在运行结束后发现，出现了很多单独分子没有的键，因为这些键我觉得不应该出现，而且有的甚至配位数都不正确，所以求教，如图为其中部分异常，图中，紫色原子为四氧化三铁纳米颗粒的铁原子，但是与有机物中的C,H等原子生成了键，请问有哪个大佬知道这是我设置有问题导致的，还是其他什么原因，十分感谢
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乐平

看起来的“化学键”其实只是软件“显示的连接方式”，并不是真的化学键。

你如果不想看到它，完全可以在键盘上按 delete 键把它删掉。

也可以在 MC 里先选择你要修改的两个原子，然后找到 Bond Options ——> Connectivity Options 进行调整，修改所谓的“成键范围”  From  XXX  to  YYY（其中 XXX 和 YYY 分别是最小值和最大值）。最后点击 Calculate 就能重新计算“键长”。如下图所示。

在最小值和最大值之间的范围都被 MS “显示成化学键”。

CCFZDLX

乐平 发表于 2023-12-5 10:29
看起来的“化学键”其实只是软件“显示的连接方式”，并不是真的化学键。

你如果不想看到它，完全可以在 ...

您好，十分感谢您的指导，因为在盒子中，”异常键“较多，请问这种“异常键”只能是手动选择，并一个一个修改吗，在没有修改之前我转了data，同时在data里有“异常键”的成键信息，所以影响严重，只能去除“异常键”，再次感谢您的指导

Observer-Aya

给个建议，用第一性原理几何优化一遍再用build bonds就能让整个模型的结构和键的配位正常，不过我很好奇，楼主你的分子动力学摩擦磨损做的怎么样了，我们组最近也想做这个分子动力学模拟，想大概了解一下。

CCFZDLX

Observer-Aya 发表于 2024-4-22 13:53
给个建议，用第一性原理几何优化一遍再用build bonds就能让整个模型的结构和键的配位正常，不过我很好奇， ...

抱歉刚看到您的回复，我是做纳米流体偏多一点，主要是想做一下摩擦系数同时结合一点实验，分子动力学摩擦磨损计算时间真的很长，建议尽早开始，当然这个和体系原子数也相关。想问一下您提到的第一性原理是指使用vasp吗，因为没有接触过这个方面，请问上手会不会难度较高