计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13841|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助GROMACS添加力的操作

[复制链接 Copy URL]

67

帖子

0

威望

192

eV
积分
259

Level 3 能力者

您好,我需要给一个聚偏氟乙烯薄膜右1/2部分施加一个恒定力,左1/2部分固定不动,我知道在LAMMPS中的操作过程,但是刚接触GROMACS,可以麻烦您给我说一下添加力的思路吗?非常感谢您的帮助。

加力.png (13.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

加力.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-7-15 16:46:16 | 只看该作者 Only view this author
把右边的分子定义为一个group,mdp里设置acc-grps为这个组,accelerate设置施加的加速度的矢量,等同于施加外力
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

67

帖子

0

威望

192

eV
积分
259

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-15 17:06:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-15 16:46
把右边的分子定义为一个group,mdp里设置acc-grps为这个组,accelerate设置施加的加速度的矢量,等同于施加 ...

好嘞,谢谢老师,老师,如果我想让左边1/2部分固定的话,是不是把左边1/2部分的原子设定为冻结组?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-7-16 15:08:22 | 只看该作者 Only view this author
1971806673 发表于 2021-7-15 17:06
好嘞,谢谢老师,老师,如果我想让左边1/2部分固定的话,是不是把左边1/2部分的原子设定为冻结组?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

67

帖子

0

威望

192

eV
积分
259

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-16 15:59:24 | 只看该作者 Only view this author
好嘞,谢谢老师的帮助。

255

帖子

0

威望

1424

eV
积分
1679

Level 5 (御坂)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

6#
发表于 Post on 2024-7-16 22:28:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-15 16:46
把右边的分子定义为一个group,mdp里设置acc-grps为这个组,accelerate设置施加的加速度的矢量,等同于施加 ...

老师,使用acc-grps做NEMD时,粒子设立加速度后,其加速组质心产生的动能对体系的动能和温度做了一部分贡献,那如何修正体系的动能和温度呢。如果是将加速组单独设组控温,假设298K,那加速度导致的速度增加如何与所控 的温度平衡呢
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 04:35 , Processed in 0.165445 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list