用lsf脚本提交g16计算任务的命令怎么写？

AndrewX

用的是上海超算，脚本是g16.lsf
如下：

#!/bin/sh
#BSUB -J g16-job
#BSUB -q snode
#BSUB -n 32
#BSUB -R "span[ptile=32]"
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err

$HOME/g16/g16 test.com

Linux小白，请问老师提交任务的命令怎么写？

pal

这个不是应该看那边的手册么，看着就是bsub g16.lsf吧

AndrewX

pal 发表于 2024-9-12 20:49
这个不是应该看那边的手册么，看着就是bsub g16.lsf吧

只要写bsub就会显示如下：
Request aborted by esub. Job not submitted.
所以我怀疑是不是我命令写的不够准确，我没有工程师联系方式，我看CSDN上写的lsf的用法，解释的是很详细，但奈何我太小白了，尝试了很多次都不对，所以看看老师能不能直接给出正确的命令方法

wxyhgk

在 LSF 集群中，bsub 命令用于提交作业。关键在于，bsub 是一个读取标准输入（stdin）的命令。

因此，如果你直接使用 bsub g16.lsf，它会将 g16.lsf 当作一个参数，而不是当作脚本读取和执行。

这就是为什么不能用 bsub g16.lsf 提交作业。


正确命令

1. bsub < g16.lsf
   

复制代码

AndrewX

wxyhgk 发表于 2024-9-12 21:39
在 LSF 集群中，bsub 命令用于提交作业。关键在于，bsub 是一个读取标准输入（stdin）的命令。

因此，如 ...

任务成功提交了，太感谢了！老师我还有问题，lsf脚本的路径是/public/home/users/jx001，但是我的账户路径是/public/home/users/jx001/AndrewX，且有一个H2O.gjf文件存在其中，我的操作是，在/public/home/users/jx001/AndrewX路径下，输入bsub < /public/home/users/jx001 g16.lsf回车，现在（1）没有.log和.chk文件，（2）这次AndrewX文件夹只有一个输入文件，那在有多个输入文件的时候，我如何指定提交某个输入文件？

wxyhgk

为了避免每次重复的复制粘贴可以这么做

1. 建立 g16-bsub.lsf 脚本

1. #!/bin/sh
   
2. #BSUB -J g16-job
   
3. #BSUB -q snode
   
4. #BSUB -n 32
   
5. #BSUB -R "span[ptile=32]"
   
6. #BSUB -o %J.out
   
7. #BSUB -e %J.err
   
8. 
   
9. # 使用传递的参数作为输入文件
   
10. $HOME/g16/g16 $1
    

复制代码

将这段代码保存为 g16-bsub.lsf 文件，然后保存到你的一个特定文件夹下面

2.bashrc 增加 g16-sub 函数
使用

1. vim ~/.bashrc

复制代码

编辑 .bashrc 文件，增加下面的代码

1. # 定义 g16-sub 函数
   
2. function g16-sub {
   
3.     # 获取传入的 .gjf 文件名
   
4.     local gjf_file=$1
   
5.    
   
6.     # 检查输入文件是否存在
   
7.     if [ ! -f "$gjf_file" ]; then
   
8.         echo "错误：输入文件 $gjf_file 不存在！"
   
9.         return 1
   
10.     fi
    
11.    
    
12.     # 复制 bsub.lsf 脚本到当前目录
    
13.     cp 特定文件夹/g16-bsub.lsf ./
    
14. 
    
15.     # 修改 bsub.lsf 脚本，使其接收 $gjf_file 作为参数
    
16.     sed -i "s/\$1/$gjf_file/g" g-16-bsub.lsf
    
17.    
    
18.     # 提交任务
    
19.     bsub < g-16-bsub.lsf
    
20. 
    
21.    
    
22.     echo "任务已提交，输入文件：$gjf_file"
    
23. }
    

复制代码

上面代码中的 “特定文件夹” 改成和第一步中一样的文件夹

然后每次就能直接使用

1. g16-sub 名字.gjf
   

复制代码

来直接提交任务

AndrewX

wxyhgk 发表于 2024-9-12 23:11
为了避免每次重复的复制粘贴可以这么做

1. 建立 g16-bsub.lsf 脚本

谢谢老师，感激不尽！

AndrewX

AndrewX 发表于 2024-9-13 01:19
谢谢老师，感激不尽！

AndrewX

wxyhgk 发表于 2024-9-12 23:11
为了避免每次重复的复制粘贴可以这么做

1. 建立 g16-bsub.lsf 脚本

老师，我刚尝试了您给的脚本，报错信息如下：

1. cp: ‘/public/home/users/jxcc001/xiongzhixin/g16-bsub.lsf’ and ‘./g16-bsub.lsf’ are the same file
   
2. sed: can't read g-16-bsub.lsf: No such file or directory
   
3. -bash: g-16-bsub.lsf: No such file or directory
   
4. 任务已提交，输入文件：H2O.gjf

复制代码

劳烦您再看看。

wxyhgk

AndrewX 发表于 2024-9-13 08:45
老师，我刚尝试了您给的脚本，报错信息如下：

路径不对吧，给我完整的路径截图什么的

AndrewX

wxyhgk 发表于 2024-9-12 23:11
为了避免每次重复的复制粘贴可以这么做

1. 建立 g16-bsub.lsf 脚本

老师，我仔细阅读了您的代码，结合报错，做了如下修改，
第13行改为：

1. cp /public/home/users/jxcc001/xiongzhixin/g16-bsub.lsf /public/home/users/jxcc001/g16.lsf

复制代码

PS：/public/home/users/jxcc001路径下的lsf脚本就叫g16.lsf，我理解您的cp操作是将xiongzhixin文件夹的g16-bsub.lsf复制给jxcc001文件夹（即.bashrc所在位置）的g16.lsf


第16和19行改为：

1. sed -i "s/\$1/$gjf_file/g" g16-bsub.lsf
   
2. bsub < g16-bsub.lsf

复制代码

提交任务：

1. g16-sub H2O.gjf

复制代码

报错如下：

1. Request aborted by esub. Job not submitted.
   
2. 任务已提交，输入文件：H2O.gjf

复制代码

到这里我已经没办法了，请您指教

wxyhgk

我都明确说了只修改一个地方

1.     cp 特定文件夹/g16-bsub.lsf ./

复制代码

上面代码中的 “特定文件夹” 改成和第一步中一样的文件夹


只修改 “cp 特定文件夹/g16-bsub.lsf ./” 这个代码中的 “特定文件夹” 这一部分



代码解释：


特定文件夹/g16-bsub.lsf 代表 g16-bsub.lsf 所在的路径，只需修改 “特定文件夹”
./ 代表当前目录，这个无需修改

AndrewX

wxyhgk 发表于 2024-9-13 09:34
我都明确说了只修改一个地方

抱歉老师，这次我创建了g16-bsub文件夹专门放g16-bsub.lsf文件，pwd显示其绝对路径如下：

1. jxcc001@ln06 ~/xiongzhixin/g16-bsub> pwd
   
2. /public/home/users/jxcc001/xiongzhixin/g16-bsub

复制代码

.bashrc文件代码如下：

1. # 定义 g16-sub 函数
   
2. function g16-sub {
   
3.     # 获取传入的 .gjf 文件名
   
4.     local gjf_file=$1
   
5. 
   
6.     # 检查输入文件是否存在
   
7.     if [ ! -f "$gjf_file" ]; then
   
8.         echo "错误：输入文件 $gjf_file 不存在！"
   
9.         return 1
   
10.     fi
    
11. 
    
12.     # 复制 bsub.lsf 脚本到当前目录
    
13.     cp /public/home/users/jxcc001/xiongzhixin/g16-bsub/g16-bsub.lsf ./
    
14. 
    
15.     # 修改 bsub.lsf 脚本，使其接收 $gjf_file 作为参数
    
16.     sed -i "s/\$1/$gjf_file/g" g16-bsub.lsf
    
17. 
    
18.     # 提交任务
    
19.     bsub < g16-bsub.lsf
    
20. 
    
21. 
    
22.     echo "任务已提交，输入文件：$gjf_file"
    
23. }

复制代码

pwd显示.bashrc文件绝对路径如下：

1. jxcc001@ln06 ~> pwd
   
2. /public/home/users/jxcc001

复制代码

提交任务后结果如下：

1. jxcc001@ln06 ~/xiongzhixin> g16-sub H2O.gjf
   
2. Request aborted by esub. Job not submitted.
   
3. 任务已提交，输入文件：H2O.gjf

复制代码

wxyhgk

用这个试试吧，不用 cp 了

1. function g16-sub {
   
2.     # 获取传入的 .gjf 文件名
   
3.     local gjf_file=$1
   
4. 
   
5.     # 生成临时 LSF 脚本
   
6.     cat > g16-bsub.lsf << EOF
   
7. #!/bin/sh
   
8. #BSUB -J g16-job
   
9. #BSUB -q snode
   
10. #BSUB -n 32
    
11. #BSUB -R "span[ptile=32]"
    
12. #BSUB -o %J.out
    
13. #BSUB -e %J.err
    
14. 
    
15. $HOME/g16/g16 $gjf_file
    
16. EOF
    
17. 
    
18.     # 提交作业
    
19.     bsub < g16-bsub.lsf
    
20. 
    
21. }
    

复制代码

直接把这个函数放入到 .bashrc 文件里面

然后使用 source ~/.bashrc 重新加载环境变量，然后就能使用这个函数了，在含有 gjf 的文件夹下面使用

1. g16-sub 名称.gjf
   

复制代码

AndrewX

wxyhgk 发表于 2024-9-13 14:23
用这个试试吧，不用 cp 了

老师您辛苦了，我刚试了一下，结果还是不行

1. jxcc001@ln06 ~/xiongzhixin> g16-sub H2O.gjf
   
2. Request aborted by esub. Job not submitted.

复制代码

这样沟通太折腾您了，您如果有空的话，是否介意远程控制我电脑看看是不是我哪里没弄好呢？