小白求助，超算上用VASP算SP出现报错

XIEH

超算使用VASP计算SP时报错如下：
srun: ROUTE: split_hostlist: hl=i11r2n02 tree_width 0
srun: error: i11r2n02: task 0: Out Of Memory
srun: launch/slurm: _step_signal: Terminating StepId=9105194.0
slurmstepd: error: Detected 5 oom-kill event(s) in StepId=9105194.0 cgroup. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.
[mpiexec@i11r2n02] HYDT_bscu_wait_for_completion (../../tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:151): one of the processes terminated badly; aborting
[mpiexec@i11r2n02] HYDT_bsci_wait_for_completion (../../tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:36): launcher returned error waiting for completion
[mpiexec@i11r2n02] HYD_pmci_wait_for_completion (../../pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:521): launcher returned error waiting for completion
[mpiexec@i11r2n02] main (../../ui/mpich/mpiexec.c:1147): process manager error waiting for completion
/opt/gridview/slurm/spool/slurmd/job9105194/slurm_script: line 18: syntax error near unexpected token `done'
/opt/gridview/slurm/spool/slurmd/job9105194/slurm_script: line 18: `done'
slurmstepd: error: Detected 5 oom-kill event(s) in StepId=9105194.batch cgroup. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.


问题起因是我在课题组服务器算DOS的过程中优化完结构算SP时出现报错，log文件里面说：
===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   PID 101588 RUNNING AT work04
=   EXIT CODE: 9
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Killed (signal 9)
This typically refers to a problem with your application.
Please see the FAQ page for debugging suggestions



超算的报错是因为运行内存不够吗？怎么解决呢？

abin

Out of memory

确认硬件内存够用
确认你有权限可以使用那么多内存
在脚本中使用

1. - M

复制代码

来申请内存

XIEH

abin 发表于 2024-3-29 10:14
Out of memory

确认硬件内存够用

感谢回复！

我只要在脚本里加一行
#PBS -M
就行了是吗？（不需要像高斯一样指定内存）

abin

XIEH 发表于 2024-3-29 16:53
感谢回复！

我只要在脚本里加一行

日志写srun
估计用的是slurm

slurm不兼容#PBS

翻一下手册吧

乐平

XIEH 发表于 2024-3-29 16:53
感谢回复！

我只要在脚本里加一行

slurm 脚本里，以 #SBATCH 开头的几行里添加

1. #SBATCH --mem=XXGB

复制代码

其中，XX是数字。比如你需要调用 128 GB 的内存，那么XXX就写 128。注意，你需要先确定计算节点上有多少内存。

slurm 可以用如下命令来查看节点的详细信息

1. scontrol show node

复制代码

在显示出来的信息里，例如 CfgTRES=cpu=40, mem=190000M，表示有 40 核，190000 MB内存，约 190 GB。根据你自己的情况设施调用的内存数大小。别照抄我的数值。

另外，根据 Open MPI 官网的介绍，建议用 mpirun -np 来跑任务，不建议用 srun，如下图所示：

XIEH

乐平 发表于 2024-3-30 11:46
slurm 脚本里，以 #SBATCH 开头的几行里添加

感谢回复！

elpa

乐平 发表于 2024-3-30 11:46
slurm 脚本里，以 #SBATCH 开头的几行里添加

#SBATCH --mem=XXGB
貌似末尾可以删除字母B